根据相关税收法律、法规的规定，产权置换业务主要涉及营业税、企业所得税和土地增值税等税种及相应发票开具等问题。具体税务处理如下：。
1、营业税的税务处理
根据深地税发[1999]462号《深圳市地方税务局关于旧城拆迁改造有关营业税问题的通知》规定，“对开发商根据当地政府的城市规划和建设部门的要求，进行旧城拆迁改造，以土地补偿给被拆迁户的，按营业税暂行条例实施细则第十五条规定，核定营业额计征‘转让土地使用权’的营业税。以房产补偿给被拆迁户的，对补偿面积与拆迁面积相等的部分，按同类住宅房屋的成本价核定计征‘销售不动产’的营业税；对补偿面积超过拆迁面积的部分，按营业税暂行条例实施细则第十五条规定，核定营业额计征‘销售不动产’的营业税”。
关于营业税计缴的时间，主要有以下三个时点：一是因房地产在达到预售条件，取得预售许可证后，方可对外销售。所以只有在达到预售条件时，为产权置换面积及超出产权置换面积部分的市场价与优惠价款的差额部分预缴营业税的时点。二是在达到预售条件，并收取超出产权置换面积部分的房款时，为超出产权置换面积部分的房款的预缴营业税时点；三是将回迁房交付被拆迁人时，以上预缴的税款需转入营业税金及附加。
2、企业所得税的税务处理
根据国税发[2009]31号《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》第七条规定，“企业将开发产品用于捐赠、赞助、职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他企事业单位和个人的非货币性资产等行为，应视同销售，于开发产品所有权或使用权转移，或于实际取得利益权利时确认收人(或利润)的实现。确认收入(或利润)的方法和顺序为：按本企业近期或本年度最近月份同类开发产品市场销售价格确定；由主管税务机关参照当地同类开发产品市场公允价值确定；按开发产品的成本利润率确定。开发产品的成本利润率不得低于15％ ，具体比例由主管税务机关确定” 。
3、土地增值税的税务处理
根据广州市地方税务局于2008年10月20日出台的关于印发土地增值税清算工作若干问题的处理指引的通知(穗地税函[2008]342号)规定， “房地产开发企业根据当地政府的城市规划和建设部门的要求进行拆迁改造，以房产补偿给被拆迁方的，对补偿面积相等的部分，以该房产的建筑安装成本价作为房地产开发企业销售不动产收入；对补偿面积超过拆迁面积的部分，根据国税发[2006]187号文第三条*9项规定确认房地产开发企业销售不动产收入”。
4、发票的开具
因税收征管及办理新房产权证的需要，拆迁户必须向有关部门提供发票和完税凭证，“个人购买住房以取得的房屋产权证或契税完税证明上注明的时间作为其购买房屋的时间” (国税函[2007]768号、国税发[2005]89号)。我们发现在产权置换业务中，房地产企业有两个不同的应税收入，即营业税以成本价确认收入、所得税按视同销售以市场售价确认收入，发票到底以哪个收入来开具?其实产权置换作为一项特殊的业务，如按上述方法正确处理，发票开具的多少已无关紧要，因为计税依据没有全部根据发票的多少来计征，即便是契税也是根据差额计算的，为了照顾被拆迁人的利益(如果被拆迁人转让回迁房，将以发票金额为取得成本从财产转让所得中扣除)，可以按市场售价开具发票。
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