一、税前扣除凭证的问题
国家税务总局关于印发《进一步加强税收征管若干具体措施》的通知（国税发[2009]114号）第六条规定：“未按规定取得的合法有效凭据不得在税前扣除。”具体说来，何谓“合法有效凭据”应由征管部门确定。
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二、利息税前扣除的问题
纳税人在生产、经营期间，向金融机构借款的利息支出，按照实际发生数扣除；向非金融机构借款的利息支出，纳税人之间相互拆借的利息支出，以及企业经批准集资的利息支出，凡不高于按照金融机构同类、同期贷款利率计算的数额以内的部分，准予扣除。其超过的部分，不准抵扣。
◆ 相关链接：企业向自然人借款的利息支出如何扣除
企业向非金融企业借款发生的利息支出应凭发票作为税前扣除的合法凭证，收取利息方无法开具发票的可以到税务机关申请代开。企业应以相关协议作为支付利息的相关证明材料。
那么，如何计算可扣除的利息支出呢？
首先要计算企业接受关联方债权性投资与其权益性投资比例。
企业从其关联方接受的债权性投资与企业接受的权益性投资的比例＝年度各月平均关联债权投资之和/年度各月平均权益投资之和
其中：
各月平均关联债权投资＝（关联债权投资月初账面余额+月末账面余额）/2
各月平均权益投资＝（权益投资月初账面余额+月末账面余额）/2
注：超出比例部分的利息支出不得扣除。
《国家税务总局关于企业投资者投资未到位而发生的利息支出企业所得税前扣除问题的批复》（国税函[2009]312号）规定：“凡企业投资者在规定期限内未缴足其应缴资本额的，该企业对外借款所发生的利息，相当于投资者实缴资本额与在规定期限内应缴资本额的差额应计付的利息，其不属于企业合理的支出，应由企业投资者负担，不得在计算企业应纳税所得额时扣除。”
三、准备金支出的几个问题
（1）《企业所得税法实施条例》第五十五条规定，未经核定的准备金支出（即不符合国务院财政、税务主管部门规定的各项资产减值准备、风险准备等准备金支出）不得扣除。
（2）目前已明确的允许税前扣除的准备金支出
◎ 保险公司的相关准备金支出；
◎ 保险公司提取的农业巨灾风险准备金；
◎ 证券类、期货类相关准备金支出；
◎ 金融企业提取的贷款损失准备；
◎ 金融企业涉农贷款和中小企业贷款损失准备金；
◎ 中小企业信用担保机构相关准备金支出；
以上具体执行期限是2008年1月1日～2010年12月31日。
同时， 国税函[2009]202号第二条规定：2008年1月1日前按照原企业所得税法规定计提的各类准备金，2008年1月1日以后，未经财政部和国家税务总局核准的，企业以后年度实际发生的相应损失，应先冲减各项准备金余额（即指税收余额）。
（3）保险公司的相关准备金支出的问题
◎ 已发生未报案未决赔款准备金按不超过当年实际赔款支出额的8%提取。实际赔款支出额应为企业当年实际发生的已支付给保户的赔款额减去当年实际收到的再保后的赔偿额的差额。
◎ 理赔费用准备金：文件中明确了包括的范围，未明确计算税前扣除限额的口径。
（4）金融企业贷款损失准备的问题
◎ 准予税前扣除的贷款损失准备金额不得超过其会计上实际计提数。
◎ 涉农、中小企业贷款以外的其他贷款以及涉农和中小企业贷款中的正常类贷款，计算准予税前扣除的损失准备金额时，计提比例为1％；会计上实际计提比例低于1％的，按会计计提比例计算。
◎ 涉农和中小企业贷款，计算准予税前扣除的损失准备金额时，区分关注类、次级类、可疑类和损失类，按财税[2009]99号文件规定的比例确定；会计上实际计提比例低于财税[2009]99号文件规定的相应比例的，按会计计提比例计算。
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