一、查补本年流转税
查补本年流转税的会计处理，一般应遵循以下原则：（1）首先应确认应交税金（应交流转税）的增加。（2）对于查补漏记的增值税销项税额，应从相应的收入中冲减；对于多计的增值税进项税额，应调增相关费用或资产成本；对于查补的营业税、城建税等，应计入当期营业税金及附加。（3）对于与此相关的固定资产折旧、摊销（含成本结转，下同）等，亦应同时调整。
（一）查补本年增值税
国家税务总局《增值税检查凋账方法》（国税发[1998]44号通知印发）规定：查补增值税账务调整，应设置“应交税金一增值税检查调整”专门账户，凡检查后应调减账面进项税额或调增销项税额和进项税额转出的，借记有关科目，贷记本科目。全部调整事项入账后，应结出本账户余额（本文中专指查补，即贷方余额）并予转出：（1）若“应交税金一应交增值税”账户无余额，则借记本科目，贷记“应交税金一未交增值税”科目；（2）若“应交税金一应交增值税”账户有借方余额且等于或大于本账户的贷方余额，则借记本科目，贷记“应交税金一应交增值税”科目；（3）若“应交税金一应交增值税”账户有借方余额但小于本账户贷方余额，应按本账户的贷方余额，借记本科目，按“应交税金一应交增值税”账户的借方余额，贷记该科目，按其差额，贷记“应交税金一未交增值税”科目。
（二）查补本年其他流转税
查补本年其他流转税，应按查补金额，借记“营业税金及附加”科目，贷记“应交税费一应交营业税、应交消费税、应交城市维护建设税、应交教育费附加”科目。
二、查补以前年度流转税
（一）涉及账务调整方法重要性的确定
查补以前年度的流转税的账务处理，会计上属于前期差错更正，新准则规定前期差错更正应按差错的重要性程度不同采用不同的账务处理方法：（1）对于不重要的前期差错，应视同当期差错处理。（2）对于重要的前期差错，应采用追溯重述法进行调整，即企业应当在其发现当期的财务报表中，调整前期比较金额（年初数、上年数）；编制比较财务报表时，应调整各该期间的净损益和其他相关项目。
如何确定前期差错的重要性，是会计及审计工作中的难点和重点。新准则规定，重要的前期差错，是指足以影响财务报表的使用者对企业财务状况、经营成果和现金流量做出正确判断的前期差错，否则就是不重要的前期差错。现在仍与《企业会计制度》、《小企业会计制度》配套施行的《<企业会计准则——会计政策、会计估计变更和会计差错更正>指南》，规定将重大会计差错量化为某项交易或事项的差错金额占该类交易或事项的金额10%及以上。这一规范对于新准则下界定重要与非重要的前期差错很有参考意义。
（二）关于查补流转税涉及所得税退还的处理
关于查补流转税导致纳税人应纳税所得额（以下简称应税所得）减少，而使纳税人原交企业所得税超过调整后应纳税额的部分是否应该退还，似乎存有争议。笔者认为，依据《税收征收管理法》第五十一条的规定，纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关提出退还要求，税务机关核实后应当立即连同多缴税款的本金和利息一并退还。因此，本文中涉及查补流转税导致退还所得税的，均按“立即退还”原则处理。
（三）涉及当期账务和财务报表年初数、上年数的调整
作为非重要的前期差错的查补流转税，视同本期差错处理，只调整当年账务，无须专门调整财务报表。但是如果查补以前年度的流转税数额较大，已界定为重要的前期差错，则应同时对发现当期的账务和当期财务报表的年初数、上年数进行调整。具体规范为：
1．调整查补当年的账务：（1）凡调增流转税而增加资产成本的，借记有关资产科目，贷记“应交税金一增值税检查调整”等科目；调增流转税面减少以前年度（以下简称前期）利润的，借记“以前年度损益调整”科目，贷记“应交税费一增值税检查调整”、“应交税费一应交营业税、应交消费税、应交城市维护建设税、应交教育费附加”科目。（2）增值税调整完毕，应将“应交税费一增值税检查调整”账户余额转出，借记该科目，贷记“应交税费一应交增值税、未交增值税”科目。（3）因调增流转税而应补提前期资产折旧、摊销的，借记“以前年度损益调整”科目，贷记“累计折旧”、“累计摊销”、“原材料”等科目。（4）因调增流转税而减少企业前期利润应退还前期所得税的，借记“应交税金一应交所得税”科目，贷记“以前年度损益调整”科目。（5）涉及前期损益的科目调整完毕，应将“以前年度损益调整”科目余额结清，借记“利润分配一未分配利润”科目，贷记“以前年度损益调整”科目。（6）因净利润减少而应冲回前期是盈余公积的，借记“盈余公积一法定盈余公积”科目，贷记“利润分配一未分配利润”科目。
上述调账分录应编制记账凭证，与调账当期的日常分录一并登记总账和明细账。
2．调整当期资产负债表的年初数（即“年初余额”，下同）：（1）调增前期流转税而增加资产成本的，借记有关资产项目，贷记“应交税费”项目；调增流转税而减少前期利润的，借记“未分配利润”项目，贷记“应交税费”项目；（2）因调增资产成本而补提前期折旧、摊销的，借记“未分配利润”项目，贷记“固定资产”等资产项目；（3）因调增流转税导致前期利润减少而应退还前期所得税的，借记“应交税费”项目，贷记“未分配利润”项目；（4）因前期净利润减少而应冲回前期已提盈余公积的，借记“盈余公积”项目，贷记“未分配利润”项目。
3．调整当期年报利润表的上年数（即“上期金额”，下同）：（1）因调增流转税而减少上年（不含上年以前，下同）利润的，借记有关收入项目或“营业税金及附加”等项目，贷记“净利润”项目（单独调整利润表时，调表分录的“净利润”项目借方发生额表示增加，贷方发生额表示减少，作者注）。（2）因调增资产成本而应补提上年折旧、摊销的，借记“管理费用”、“营业成本”等项目，贷记“净利润”项目。（3）因上年利润减少而应退还企业所得税的，借记“净利润”项目，贷记“所得税费用”项目。
以上调整资产负债表年初数和利润表上年数的调表分录，可以采用调表工作底稿（试算平衡表），分别在其底稿上进行调整并结出“调整后金额”，且从调整资产负债表的当月起，作为该表的年初数；利润表则作为年报的上年数。
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