问：我公司出售给A客户一批货物，已开增值税专用发票，由B物流公司负责运送。因B公司原因，导致该批货物丢失，而A公司在未收到该批货物的情况下已将该增值税专用发票抵扣。现在A公司不同意补货，请问：
1、我公司是否可以要求A公司将此批货物的金额开具增增税专用发票给我公司？如果不可以，那我公司应如何处理与A公司相关账目？若可以开具，我公司用A公司给开具的发票作账，如何账务处理？
2、我公司向物流公司B索赔该批货物的货款，是否可以只开具收据，不必开具内容为“索赔”的发票？
答：1、A公司不同意补货，应按销售退回向其主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》。
依据：《增值税专用发票使用规定》（国税发[2006]156号）第十四条规定，一般纳税人取得专用发票后，发生销货退回、开票有误等情形但不符合作废条件的，或者因销货部分退回及发生销售折让的，购买方应向主管税务机关填报《开具红字增值税专用发票申请单》（以下简称《申请单》）。
《申请单》所对应的蓝字专用发票应经税务机关认证。
经认证结果为“认证相符”并且已经抵扣增值税进项税额的，一般纳税人在填报《申请单》时不填写相对应的蓝字专用发票信息。
经认证结果为“纳税人识别号认证不符”、“专用发票代码、号码认证不符”的，一般纳税人在填报《申请单》时应填写相对应的蓝字专用发票信息。
2、运输公司丢失的这部分货物不得抵扣进项税额。
依据：《增值税暂行条例》第十条第（二）项规定，非正常损失的购进货物及相关的应税劳务，发生的进项税额不得从销项税额中抵扣；
《增值税暂行条例实施细则》第二十四条规定，条例第十条第（二）项所称非正常损失，是指因管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失。
3、赔偿事项不是税法规定的发票应载经济事项，取得的物流公司赔偿款不属于流转税应税收入，不需要出具发票，开具具备财务票据基本要素的收款收据即可。
依据：《发票管理办法》第三条规定，发票是指在购销商品、提供或者接受服务以及从事其他经营活动中，开具、收取的收付款凭证。
4、相关会计处理如下：
（1）办理托运发出货物时：
借：发出商品
贷：库存商品
（2）开具发票时：
借：应收账款
贷：应交税费——应交增值税（销项税额）
（3）接到物流公司丢失货物通知时：
借：待处理财产损溢
贷：发出商品
应交税费——应交增值税（进项税额转出）
（4）收到物流公司赔偿时：
借：银行存款
贷：待处理财产损溢
（5）取得购货方《开具红字增值税专用发票申请单》时：
借：应收账款（红字）
贷：应交税费——应交增值税（销项税额）（红字）
再问：我公司主管国税机关不允许列支“发出商品”科目，此规定与新《企业会计准则》是否冲突？
再答：1、《企业会计准则第14号——收入》第四条规定，销售商品收入同时满足下列条件的，才能予以确认：
（一）企业已将商品所有权上的主要风险和报酬转移给购货方；
（二）企业既没有保留通常与所有权相联系的继续管理权，也没有对已售出的商品实施有效控制；
（三）收入的金额能够可靠地计量；
（四）相关的经济利益很可能流入企业；
（五）相关的已发生或将发生的成本能够可靠地计量。
《企业会计准则——会计科目和主要账务处理》“1406发出商品”*9条规定，本科目核算企业未满足收入确认条件但已发出商品的实际成本（或进价）或计划成本（或售价）。
《增值税暂行条例》第十九条第（一）项规定，销售货物或者应税劳务，增值税纳税义务发生时间为收讫销售款项或者取得索取销售款项凭据的当天；先开具发票的，为开具发票的当天。
《企业会计准则——应用指南》会计科目和主要账务处理规定，销售物资或提供应税劳务，按营业收入和应收取的增值税额，借记“应收账款”、“应收票据”、“银行存款”等科目，按专用发票上注明的增值税额，贷记“应交税费”科目（应交增值税——销项税额），按确认的营业收入，贷记“主营业务收入”、“其他业务收入”等科目。发生销售退回做相反的会计分录。
根据问题描述，若“未满足收入确认条件但已发出商品”的情形，发出商品时应在“发出商品”核算。但对于已经开具发票的，税务机关有权征缴增值税。因此，在计缴增值税时间上会计与税法产生了时间性差异。