问：自然人A将二手车转让给甲公司，甲公司立即转让给乙公司，自然人A、甲和乙应如何缴税？如何开具发票？
答：《增值税暂行条例》第十五条规定，销售的自己使用过的物品免征增值税。
《增值税暂行条例实施细则》第三十五条规定，《增值税暂行条例》第十五条所称自己使用过的物品，是指其他个人自己使用过的物品。
《财政部、国家税务总局关于部分货物适用增值税低税率和简易办法征收增值税政策的通知》（财税[2009]9号）规定，纳税人销售旧货，按照简易办法依照4%征收率减半征收增值税。
所称旧货，是指进入二次流通的具有部分使用价值的货物（含旧汽车、旧摩托车和旧游艇），但不包括自己使用过的物品。
《二手车流通管理办法》（商务部、公安部、工商总局、税务总局2005年第2号令）第二十四条规定，二手车经销企业销售、拍卖企业拍卖二手车时，应当按规定向买方开具税务机关监制的统一发票。
进行二手车直接交易和通过二手车经纪机构进行二手车交易的，应当由二手车交易市场经营者按规定向买方开具税务机关监制的统一发票。
根据以上规定，自然人销售自己使用过的二手车免征增值税。发票首先由自然人提供原购车发票与完税证明有关资料，然后由二手交易市场为其开具《二手车销售统一发票》。
甲公司购入二手车后立即销售，属于销售旧货行为，应依4%征收率减半缴纳增值税。如果甲公司具有机动车销售资格，乙公司为车辆的使用者，应开具《机动车销售统一发票》。否则甲公司应开具增值税普通或专用发票。
关于所有权或管理权发生变更的车船征收车船税问题。《国家税务总局关于车船税征管若干问题的通知》（国税发[2008]48号）规定，在一个纳税年度内，已经缴纳车船税的车船变更所有权或管理权的，地方税务机关对原车船所有人或管理人不予办理退税手续，对现车船所有人或管理人也不再征收当年度的税款；未缴纳车船税的车船变更所有权或管理权的，由现车船所有人或管理人缴纳该纳税年度的车船税。
根据上述规定，在一个纳税年度内，已经缴纳车船税的车船变更所有权，乙公司不涉及纳税问题。未缴纳车船税的车船变更所有权的，由现车船所有人缴纳该纳税年度的车船税。
再问：甲公司为营业税纳税人，是否应开具普通发票？是由税务局代开还是在二手车交易市场开具？
再答：《二手车流通管理办法》第六条规定，二手车直接交易是指二手车所有人不通过经销企业、拍卖企业和经纪机构将车辆直接出售给买方的交易行为。二手车直接交易应当在二手车交易市场进行。
第二十四条第二款规定，进行二手车直接交易和通过二手车经纪机构进行二手车交易的，应当由二手车交易市场经营者按规定向买方开具税务机关监制的统一发票。
因此，甲公司属于进行二手车直接交易，应当由二手车交易市场经营者按规定向买方开具税务机关监制的统一发票。增值税是按4%的税率减半缴纳。