问：我公司在2008年购入了商品住宅一套，购入时有房屋的发票和缴纳的契税。现在转让，经评估部门评估后，公司按评估价格出售，计算土地增值税时是否也可以按评估价值作为扣除额计算？因为评估的价值高于购入时的房价，如果按评估价格作为扣除项目，则增值额很少，如何计算房屋的土地值税的扣除项目额？
购入时的房价34.8万元，契税1.044万元，评估价70万元，评估费用0.2万元，售价70.2万元，那么计算土地增值税：
一、（按发票）
1、增值额＝70.2－｛34.8＋34.8×5×0.05＋1.044＋70.2×0.05×（1＋0.05＋0.03＋0.02）＋70.2×5÷10000｝＝21.7599（万元）；
2、增值额与扣除项目金额之比（%）＝44.92%；
3、应补（退）土地增值税税额＝21.7599×0.3＝6.52797（万元）。
二、（按评估价）
1、增值额＝70.2－70－0.2－70.2×0.05×（1＋0.05＋0.03＋0.02）＋70.2×5÷10000＝－3.8961（万元），没有增值额。
答：《土地增值税暂行条例》第九条规定，纳税人有下列情形之一的，按照房地产评估价格计算征收：
（一）隐瞒、虚报房地产成交价格的；
（二）提供扣除项目金额不实的；
（三）转让房地产的成交价格低于房地产评估价格，又无正当理由的。
《土地增值税暂行条例实施细则》第七条规定，条例第六条所列的计算增值额的扣除项目，具体为：
（四）旧房及建筑物的评估价格，是指在转让已使用的房屋及建筑物时，由政府批准设立的房地产评估机构评定的重置成本价乘以成新度折扣率后的价格。评估价格须经当地税务机关确认。
第十三条规定，条例第九条所称的房地产评估价格，是指由政府批准设立的房地产评估机构根据相同地段、同类房地产进行综合评定的价格。评估价格须经当地税务机关确认。
第十四条第四款规定，隐瞒、虚报房地产成交价格，应由评估机构参照同类房地产的市场交易价格进行评估。税务机关根据评估价格确定转让房地产的收入。
第十四条第五款规定，提供扣除项目金额不实的，应由评估机构按照房屋重置成本价乘以成新度折扣率计算的房屋成本价和取得土地使用权时的基准地价进行评估。税务机关根据评估价格确定扣除项目金额。
第十四条第六款规定，转让房地产的成交价格低于房地产评估价格，又无正当理由的，由税务机关参照房地产评估价格确定转让房地产的收入。
根据上述规定，旧房及建筑物的评估价格，是指重置成本价乘以成新度折扣率后的价格，不同于条例第九条所说的房地产评估价格。第九条所说的房地产评估价格参考同类房地产的市场交易价格进行评估得出的。
按照问题所述情况，贵公司所述的评估价为参考同类房地产的市场交易价格进行评估得出的，不是按重置成本价乘以成新度折扣率得出的价格。
《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税〔2006〕21号）第二条规定，纳税人转让旧房及建筑物，凡不能取得评估价格，但能提供购房发票的，经当地税务部门确认，《条例》第六条第（一）、（三）项规定的扣除项目的金额，可按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计算。对纳税人购房时缴纳的契税，凡能提供契税完税凭证的，准予作为“与转让房地产有关的税金”予以扣除，但不作为加计5%的基数。
对于转让旧房及建筑物，既没有评估价格，又不能提供购房发票的，地方税务机关可以根据《税收征收管理法》第35条的规定，实行核定征收。
关于转让旧房加计扣除问题。
《重庆市地方税务局转发国家税务总局关于土地增值税清算有关问题的通知的通知》（渝地税发〔2010〕167号）规定，纳税人转让旧房及建筑物，按发票所载金额从购买年度起至转让年度止每年加计5%扣除。其计算公式为：扣除金额=发票所载金额×〔1＋5%×n（年）〕
因此，贵公司如果不能取得房屋按重置成本价乘以成新度折扣率的评估价格，但能提供发票等资料，贵公司转让旧房扣除项目的金额，应按发票所载金额并从购买年度起至转让年度止每年加计5%计缴土地增值税。