问：我公司是一家大型药企，有地下水自采权，关联企业A使用我公司的自采的地下水，我方按协议价收费
请问我方应给对方开具什么发票，应缴增值税还是营业税？按什么税目、税率缴纳？
答：《增值税暂行条例》*9条规定，在中华人民共和国境内销售货物或者提供加工、修理修配劳务以及进口货物的单位和个人，为增值税的纳税人，应当依照本条例缴纳增值税。
第二条规定，增值税税率：
（二）纳税人销售或者进口下列货物，税率为13%：
自来水、暖气、冷气、热水、煤气、石油液化气、天然气、沼气、居民用煤炭制品。
《国家税务总局关于印发〈增值税部分货物征税范围注释〉的通知》（国税发〔1993〕151号）第三条规定，自来水是指自来水公司及工矿企业经抽取、过滤、沉淀、消毒等工序加工后，通过供水系统向用户供应的水。
农业灌溉用水、引水工程输送的水等，不属于本货物的范围。
《国家税务总局关于印发〈增值税若干具体问题的规定〉的通知》（国税发〔1993〕154号）*9条规定，征税范围：
（七）供应或开采未经加工的天然水（如水库供应农业灌溉用水，工厂自采地下水用于生产），不征收增值税。
《国家税务总局关于水利工程水费征收流转税问题的批复》（国税函〔2007〕461号）规定：
《财政部、国家计委关于将部分行政事业性收费转为经营服务性收费（价格）的通知》（财综〔2001〕94号）规定，水利工程水费由行政事业性收费转为经营服务性收费。因此，水利工程单位向用户收取的水利工程水费，属于其向用户提供天然水供应服务取得的收入，按照现行流转税政策规定，不征收增值税，应按“服务业”税目征收营业税。
根据上述规定，地下水不属于自来水，你公司有开采地下水的自采权，关联公司使用你公司开采的地下水收取的使用费不缴纳增值税，应按“服务业”税目缴纳营业税。贵公司应开具地方税务机关监制的发票。