多层间接抵免方法的计算原理与一层间接抵免方法基本相同，可以类推，但具体计算步骤要复杂些。假定以两层“母子公司”为例，按照母公司、子公司、孙公司股息收入发生的顺序，多层间接抵免的计算方法与原理如下：
(1)由外国孙公司支付一部分股息给子公司，子公司收到的这部分股息，应该承担孙公司缴纳的外国所得税的计算公式为：
子公司应承担孙公司所得税＝孙公司所得税×(子公司股息÷孙公司税后所得)
子公司用其来自外国孙公司的股息加上这部分股息应分摊的孙公司所得税，即为这部分股息的相应利润(股息还原出的孙公司税前所得)，也就是子公司来自孙公司的所得，其计算公式为：
子公司来自孙公司所得＝子公司股息＋孙公司所得税×(子公司股息÷孙公司税后所得)
(2)子公司用其本身(国内)的所得，加上来自外国孙公司的所得，为子公司总所得，再扣除缴纳当地政府的所得税(其中已包括外国孙公司所得税的抵免)，从其税后所得中按股票份额或比例分配一部分股息给母公司，母公司收到子公司的股息，应该承担子公司和孙公司缴纳的外国所得税的计算公式为：
母公司应承担的子、孙公司所得税＝(子公司所得税＋子公司承担的孙公司所得税)×(母公司股息÷子公司税后所得)
必须注意，上式所计算出来的应属母公司承担的外国子、孙公司所得税，在不超过抵免限额的条件下，可以允许母公司从其应缴居住国政府的所得税中进行扣除，否则应按限额扣除。与此相应的是，母公司在缴纳所得税时，应并入本身(国内)所得计算的外国子、孙公司所得的计算公式为：
母公司来自子、孙公司的所得＝母公司股息＋母公司应承担的子、孙公司所得税
此外，在各国对其公司汇出境外的股息课征预提所得税的情况下，还应考虑采用直接和间接相结合的方式进行税收抵免。根据上述计算方法及原理，对于其他三层以上的多层附属公司的外国税收间接抵免计算公式，也就可以类似推算了。
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