子口税制的后果洋货内销的子口税单和土货外销的三联单、运照制度，给予洋商以深入穷乡僻壤控制中国国内贸易的极其优越地位，同时也导致华商假冒洋商名义，悬挂外国旗帜，百般依附洋商。华商往往向外商非法购买子口单，以免内地税盘剥。1879年英国驻汉口领事报告说：上海内销洋货的99.9％都由购得子口单的华商所经营，至于在土货外销方面，据1866和1867年的《海关报告》说，自内地运棉花到宁波，内地税高出子口税一倍，因此华商就以每包五角的代价向外商购买三联单去护运棉花，其结果竟使三联单的买卖本身“成为一种交易”。
不仅如此，外销土货的子口税是向出口口岸的海关交纳的。如果外商和依附外商的华商自内地贩买土货，在到达出口口岸之前即行出卖，就不仅逃避了内地税，也逃避了子口税；如运到口岸而不出口，则他们在国内贸易上也享受用交纳子口税的方式代替内地税。如1872年镇江出口的土货价值只占到三联单护运流入的土货的25％，其余75％都销于镇江及其附近地区，并未出口。
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