一、申报明细表与年度财务报表既关联又有区别
申报明细表与年度财务报表相关联，是指企业最近三个会计年度研究开发费用结构明细表和最近一年高新技术产品(服务)收入明细表的相关数据包含在已审计的年度财务报表中，两者适用的会计准则或会计制度是一致的，在相关会计政策、会计估计方面不存在差异。
但申报明细表又区别于年度财务报表。企业最近三个会计年度研究开发费用结构明细表和最近一年高新技术产品(服务)收入明细表是按照《高新技术企业认定管理办法》和《高新技术企业认定管理工作指引》编制的，其列报的数据可以直接反映出企业是否满足认定条件。
二、专项审计的实施
不论企业以前年度财务报表是否委托注册会计师进行审计，还是专项审计与年度财务报表审计是否为同一家会计师事务所承接，专项审计都可以按照《专项审计指引》独立实施审计程序。如果结合以前年度财务报表审计，确定的重要性水平应当低于相应财务报表审计的重要性水平，确定审计范围时应当考虑拟利用以前年度财务报表审计工作中获取的审计证据的程度。需要注意的是，应当结合具体环境考虑重要性的性质和数量两方面的因素。
三、专项审计对高新技术产品或服务识别的要求
无论是研究开发费用，还是高新技术产品(服务)，在专项审计中都涉及高新技术的识别。注册会计师不是高新技术领域的专家，《专项审计指引》为此做了如下规定：(1)恰当界定研究开发项目、高新技术产品(服务)的具体范围是申报企业的责任。(2)申报企业技术负责人与企业法定代表人、财务负责人共同签署《管理当局声明书》。
但《专项审计指引》也规定，制定总体审计策略时，应当清楚地说明向具体审计领域调配的资源，包括就复杂的研究开发项目技术问题利用专家的工作。
四、风险导向审计理念在专项审计中的应用
《专项审计指引》要求针对研究开发项目和高新技术产品(服务)了解申报企业及其环境，比如，了解申报企业产品(服务)的技术变化，了解申报企业研究开发部门的设置和分布，以及是否存在专门的机构和人员从事研究开发活动，了解申报企业为从事研究开发活动而进行的固定资产投入以及为这些投入而使用的资金的来源，了解申报企业是否确立了创建科技创新型企业的发展战略，了解申报企业是否将高新技术产品(服务)收入作为主要的业绩考核指标。
《专项审计指引》要求识别和评估申报明细表层次以及各类交易、列报认定层次的重大错报风险。申报明细表层次重大错报风险需要从整体上加以判断，比如，申报企业不能提供研究开发项目的相关计划与实施方案、研究开发记录，申报明细表整体上就可能存在重大错报风险。申报明细表层次重大错报风险很可能源于薄弱的控制环境，特别是凌驾于内部控制制度之上时，很可能伪造或篡改编制申报明细表所依据的会计记录或相关文件。
《专项审计指引》要求注册会计师应当假定申报企业的高新技术研究开发费用支出与高新技术产品(服务)收入存在舞弊风险;应当考虑申报企业管理层有可能存在为了申请高新技术企业资格以享受税收优惠政策的动机，导致高新技术研究开发费用支出与高新技术产品(服务)收入存在重大错报风险。
五、对与申报明细表相关的内部控制制度的了解
《专项审计指引》勾画了与申报明细表相关的内部控制制度，强调了解这些内部控制是识别、评估重大错报风险以及设计和实施进一步审计程序的基础。
与高新技术产品(服务)收入相关的内部控制包含在企业产品或服务的销售控制中，而如高新技术产品(服务)收入与研究开发激励或与销售奖励相关联时，企业一般会设计或增加相应的控制环节。注册会计师审计时，需要了解申报企业能否确保销售均已准确记录并对高新技术产品(服务)进行恰当分类。
在财务报表审计中，一般不专门提及与高新技术研究开发费用支出相关的内部控制。《专项审计指引》强调研究开发费用控制通常属于申报企业费用和成本控制的重要组成部分，要求注册会计师在对研究开发费用控制进行了解时，需要考虑那些影响研究开发费用完整性、发生、准确性和分类的控制点。同时，《专项审计指引》给出了研究开发业务流程通常可能包括的主要活动，如立项和预算管理、人员管理、材料和设备管理以及结项管理等。
六、专项审计报告的审计
基于申请高新技术企业认定的目的，申报企业通常将最近三个会计年度研究开发费用结构明细表和最近一年高新技术产品(服务)收入明细表的专项审计同时委托给一家会计师事务所，《专项审计指引》要求，针对研究开发费用结构明细表和高新技术产品(服务)收入明细表分别出具专项审计报告。
由于研究开发费用结构明细表涉及三个会计年度，注册会计师出具非标准专项审计报告时需要指明导致事项所对应的会计年度。
