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。这种核算方式存在着以下弊端：
一是价值背离。随着使用时间的延长，账面价值与现时净值会随着时间的推移差额越来越大。
二是虚增净资产。随着固定资产的磨损，以账面原值反映固定基金，使资产负债表中净资产指标不能反映资产的实际现有生产能力状况，虚增净资产。
三是成本不完整。事业单位的固定资产不提折旧，业务活动成本相应也不包括折旧费用，使得成本核算不完整。一方面，事业单位在购建固定资产时，虚增了事业成本；另一方面，固定资产不计提折旧，人为降低了取得相应收入的成本，虚增了盈余，且不能真正体现会计核算的配比原则。四是按收入的比例提取修购基金，不足以维持固定资产的更新和维护，且缺乏科学合理的计提依据。
（2）购置固定资产。制度规定，单位购置固定资产应根据资金来源渠道分别列支，通过两组分录反映：支付款项时，借记“事业支出”、“专款支出”、“专用基金—修购基金”等科目，贷记“财政补助收入-财政直接支付”、“零余额账户用款额度”、“银行存款”等科目；固定资产入账时，借记“固定资产”科目，贷记“固定基金”科目。上述会计处理存在两个不足：
一是以银行存款购置固定资产，实质上并没有引起资产减少，只是资产存在形态的一种转换。而借记“事业支出”，势必虚增了单位的费用支出，且期末要将该项支出转入“事业结余”账户，参与事业单位的结余分配，又虚减了单位结余，有违真实性原则。
二是两组分录之间没有一定的勾稽关系，不能确切明了地反映业务内涵。由于只是制度的一种硬性规定，在实际业务处理中，不少单位会计往往做了付款分录，忘记做固定资产入账分录，其结果是导致账外资产形成，容易导致国有资产流失。
2.无形资产核算问题
（1）无形资产核算方法不完备，各事业单位都缺乏严密的无形资产核算体系，不能客观、真实地记录、反映事业单位财务状况。
按现有制度规定，对于实行内部成本核算的事业单位，其无形资产应在受益期内平均摊销，分期计入经营支出。对于实行内部成本核算的事业单位，无形资产在受益期内平均摊销是合理可行的，但对于不实行内部成本核算的事业单位，无形资产摊销一次计入事业支出的会计处理尚有商榷之处。不实行内部成本核算的事业单位在核算无形资产时，只是通过借记、贷记“无形资产”科目最终转入“事业支出”，当期“无形资产”账户余额为零，作为资产组成部分的无形资产也就不能在会计报表中客观、真实地记录、反映其存在。由于会计报表和账户未列示无形资产状况，容易导致会计信息失真，就不实行内部成本核算的事业单位而言，不利于单位内部对这些无形资产的控制、监督管理；就国家而言，不利于国有资产的宏观管理，容易造成国有资产的流失。例如事业单位因发展需要向国家、集体新征用土地，以支付土地出让金、补偿费等方式取得土地使用权，单位对征用的土地享有长期利用、经营的权利。事业单位在取得以上无形资产时，少则几万元，多则几千万元，不实行内部成本核算的事业单位，如果将取得的这些无形资产一次摊销，直接计入事业支出，当月的会计报表和次年的会计账簿中无形资产账户都不能反映无形资产的存在，这些无形资产就成为事业单位拥有的账外资产。
（2）不能满足事业单位利用无形资产对外投资的会计核算需要。
现行制度规定，事业单位向其他单位投入的无形资产，按双方确定的价值，借记“对外投资”科目，按账面原价，贷记“无形资产”科目，按其差额，借记或贷记“事业基金——投资基金”科目；同时按无形资产账面价值，借记“事业基金——一般基金”科目，贷记“事业基金——投资基金”科目。不实行内部成本核算的事业单位，在取得无形资产时，将已取得的无形资产一次摊销，直接计入事业支出，无形资产账户余额为零。那么，不实行内部成本核算的事业单位，若干年后将无形资产对外投资时，按制度规定借记“对外投资”科目，按账面原价，贷记“无形资产”科目，就会碰到两个问题，一是如何“按账面原价”确定对外投资无形资产的原价。因为对外投资时无形资产账户余额为零；二是会出现“无形资产”科目有贷方金额没有借方金额，期末余额为贷方的现象，这样既使人费解，也违反了无形资产账户期末余额为借方的规定。
3.事业单位结余的问题
《事业单位会计准则》（试行）第三十一条规定：事业单位的净资产是指资产减去负债的差额。包括事业基金、固定基金、专用基金、结余等。
（1）专用基金是事业单位按规定提取或者设置的具有专门用途的资金，主要有：修购基金、职工福利基金、医疗基金和住房基金。如：某事业单位有从事专门业务活动的人员100人，按照财政部门规定的公费医疗经费人均年度预算定额标准400元提取医疗基金40000元。做会计分录借：事业支出——社会保障缴费40000；贷：专用基金——医疗基金40000。我们知道，净资产属于剩余权益，归法人所有，但职工福利基金和医疗基金属于负债性质，只能用于职工福利医疗等方面。将负债列入净资产核算，显然是不合适的。
（2）修购基金的问题。现行《事业单位会计制度》规定，提取修购基金时，借记“事业支出”，贷记“专用基金——修购基金”。这使得固定资产价值两次被列入支出：如前所述，购置固定资产时，已经借记“事业支出”，贷记“银行存款”等，而此处又一次借记“事业支出”，造成虚增事业支出。
（3）在事业单位会计制度中，所得税是对事业单位收益的一种分配，按照规定，事业单位通过经营活动取得的收入，应该在年终交所得税，会计分录为借：结余分配——应交所得税；贷：应交税金——应交所得税。而在企业会计制度中，所得税是企业为取得收入而发生的一项费用，会计分录为借：所得税；贷：应交税金——应交所得税。而现行的办法，不能清晰的反映事业单位的支出情况，也不接近于国际上的处理方式。
三、关于会计报表问题
与企业会计报表相比，事业单位会计报表两个*5的特点：一是从会计报表体系上看，事业单位不编制现金流量表；二是从具体会计报表的结构上看，资产负债表采用“科目余额表”的结构形式。这两点表现出事业单位会计制度在会计报表方面的不足和缺陷。现金流量表所表现出的特殊作用是其他任何一张会计报表都不能替代的。首先，现金流量表已经成为与会计主体有利益关系的各方了解其现金变动及支付能力的重要报表，企业编制现金流量表主要是将以权责发生制为基础的收支调整为以现金收付为基础的收支，所以相对来说难度较大，但事业单位有很多业务就是以现金收付为基础确定收支的，因而其编制相对比较容易；其次，事业单位尤其是实行内部成本核算和有经营性业务的事业单位，由于对这一部分业务采用了权责发生制的原则进行处理，使得其收支表中的收支不能反映现金收支的真实情况，而出资者及管理部门了解事业单位情况的一个重要方面就是可支用现金额。从这个角度看，事业单位编制现金流量表显得非常重要。
资产负债表的结构问题。资产负债表是静态的时点报表，反映的是某一特定日期的财务状况的报表，它所表示的必然是一个时点而非时期。但是，事业单位规定的资产负债表项目列示不科学，格式采用的是“资产+支出=负债+净资产+收入”的平衡原理，实际上是会计科目余额平衡表，不符合资产负债表的定义，既包括资产、负债和净资产三类要素，也包括了“收入、
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