问：我公司系一家外资企业。2008年2月，我公司购买了进口原料，以网上支付形式缴纳了进口增值税。而海关完税凭证，即《海关进口增值税专用缴款书》则由海关委托银行负责送达企业，但银行迟迟未能将缴款书交给我公司，直到7月才送达了缴款书，银行为此出具了延期传送证明。请问这些税款能否向税务局申请抵扣？（《财税实务问答》2008年）
原回答：根据《国家税务总局关于加强海关进口增值税专用缴款书和废旧物资发票管理有关问题的通知》（国税函[2004]128号）附件1《海关进口增值税专用缴款书稽核办法》第三条规定，增值税一般纳税人取得的2004年2月1日以后开具的海关完税凭证，应当在开具之日起90天后的*9个纳税申报期结束以前向主管税务机关申报抵扣，愈期不得抵扣进项税额。
《国家税务总局关于增值税一般纳税人取得海关进口增值税专用缴款书抵扣进项税额问题的通知》（国税发[2004]148号）的有关规定，企业取得的海关完税凭证必须在开具之日起90日内向主管税务机关申报抵扣。
贵司海关完税凭证开具之日在2月份，拿到该完税凭证的日期则为7月份，已超过90天的申报抵扣期，从前述文件规定看，已丧失抵扣效力，故不能进行申报抵扣。
补充回复：增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的海关缴款书，要根据《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函[2009]617号）文件第二条规定，实行海关进口增值税专用缴款书（以下简称海关缴款书）“先比对后抵扣”管理办法的增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的海关缴款书，应在开具之日起180日内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》（包括纸质资料和电子数据）申请稽核比对。
未实行海关缴款书“先比对后抵扣”管理办法的增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的海关缴款书，应在开具之日起180日后的*9个纳税申报期结束以前，向主管税务机关申报抵扣进项税额。
依据国税函[2009]617号文件规定，《国家税务总局关于增值税一般纳税人取得海关进口增值税专用缴款书抵扣进项税额问题的通知》（国税发[2004]148号）第二条、第三条、第四条自2010年1月1日起废止。