问：在《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》（国税发[2004]88号）第十条第（三）款规定，增值税一般纳税人取得的货物运输业发票，可以在自发票开具日90天后的*9个纳税申报期结束以前申报抵扣？
但在《国家税务总局关于加强货物运输业税收征收管理的通知》（国税发[2003]121号）的附件二第五条规定，纳税人取得的2003年10月31日以后开具的运输发票，应当自开票之日起90天内向主管国税局申报抵扣，超过90天的不得予以抵扣。
这两个条款在抵扣时间有差异，但是国税发[2003]121号文并没有被通知该条款失效或全文失效。在实务中，应参照上述哪个文件规定的条款执行？（《财税实务问答》2009年第4期）
原回答：根据“新法优于旧法”的原则，在实际工作中应按《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》（国税发[2004]88号）第十条第（三）款规定：“增值税一般纳税人取得的货物运输业发票，可以在自发票开具日90天后的*9个纳税申报期结束以前申报抵扣。”执行。
补充回复：根据《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函[2009]617号）文件*9条规定，增值税一般纳税人取得2010年1月1日以后开具的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票和机动车销售统一发票，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证，并在认证通过的次月申报期内，向主管税务机关申报抵扣进项税额。
同时，依据国税函[2009]617号文件规定，《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》（国税发[2004]88号）第十条第（三）款规定自2010年1月1日起废止。