问：我公司为大型连锁企业，总店即公司注册地设于西部某省，目前共在全国十二个省市开设分支机构110家（全资分公司），所得税自2008年起适用合并计算，就地预缴方式。公司注册地国税局已经批准我总公司自2009年起适用西部大开发所得税优惠政策，税率为15%，现就如何适用等相关问题咨询如下：
1、西部大开发15%所得税优惠政策的批文是直接批复给总公司，总公司及下属所有分公司都一起享受，还是仅仅指总店以及开设在西部大开发所提及的西部省市的分支机构才能够享受？
2、因为我公司是汇总计算所得税，那么我公司所得税申报时，是直接以全公司应纳税所得额乘以15%的税率；还是需要按照国税发[2008]28号文件十六条规定，按总公司和分公司处于不同税率地区的方法计算？
答：《国家税务总局关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知》（国税函[2009]221号）第二条关于总分支机构适用不同税率时企业所得税款计算和缴纳问题规定，预缴时，总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后按照国税发[2008]28号文件第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及其权重，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额，再分别按各自的适用税率计算应纳税额后加总计算出企业的应纳所得税总额。再按照国税发[2008]28号文件第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及其权重，向总机构和分支机构分摊就地预缴的企业所得税款。
汇缴时，企业年度应纳所得税额应按上述方法并采用各分支机构汇算清缴所属年度的三因素计算确定。
除《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》（国发[2007]39号）、《财政部、国家税务总局关于企业所得税若干优惠政策的通知》（财税[2008]1号）和《财政部、国家税务总局关于贯彻落实国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策有关问题的通知》（财税[2008]21号）有关规定外，跨地区经营汇总纳税企业不得按照上述总分支机构处于不同税率地区的计算方法计算并缴纳企业所得税，应按照企业适用统一的税率计算并缴纳企业所得税。
而根据《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》（国发[2007]39号）第二条关于继续执行西部大开发税收优惠政策规定中“根据国务院实施西部大开发有关文件精神，财政部、税务总局和海关总署联合下发的《财政部、国家税务总局、海关总署关于西部大开发税收优惠政策问题的通知》（财税[2001]202号）中规定的西部大开发企业所得税优惠政策继续执行。”
因此，问题所述企业应按上述规定总机构适用15%优惠税率，其他分支机构应适用法定税率。
对于计算请按下列规定执行：《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发[2008]28号）第十六条规定，总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后依照本办法第十九条规定的比例和第二十三条规定的三因素及其权重，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额后，再分别按总机构和分支机构所在地的适用税率计算应纳税额。