问：我公司房地产开发项目商品房的销售已达到了清算条件，但普通房与商品房无法分开核算，是否统一核算增值率，按实际增值率缴纳增值税？
答：《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发[2006]187号）*9条规定，土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。
开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。
《四川省地方税务局转发〈国家税务总局关于印发的通知〉的通知》（川地税发[2009]60号）第二条规定，属于既建造普通标准住宅，又建造其他商用房的房地产开发项目，纳税人应分别计算扣除项目金额、增值额和增值率，否则，其建造的普通标准住宅不得适用免税规定。
对难以分别计算扣除项目金额的，应按普通标准住宅和其他商品房销售面积占销售总面积的比例进行分摊确定。
关于清算项目中同时包含普通住宅和非普通住宅增值额的计算问题。《辽宁省地方税务局关于明确土地增值税清算有关问题的通知》（辽地税函[2012]92号）规定，对一个清算项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别核算增值额；未分别核算增值额或者分别核算增值额不准确的，地方税务机关一律按照普通住宅和非普通住宅的可售面积占清算项目可售面积的比例计算扣除项目金额后，分别按照普通住宅和非普通住宅的销售收入和计算的扣除项目金额计算增值额。
根据上述规定，贵公司应按普通住房和非普通住房（商品房）分别计算增值税。不分别核算的，普通标准住宅不得适用免税规定。对难以分别计算扣除项目金额的，应按普通标准住宅和其他商品房销售面积占销售总面积的比例进行分摊确定扣除项目金额后，分别按照普通住宅和非普通住宅的销售收入和计算的扣除项目金额计算增值额。