问：我公司总部在北京，至2011年12月31日设有上海，厦门，苏州，杭州，深圳分公司。2012年2月29日，深圳分公司及杭州分公司注销，2011年所得税汇算清缴后需要缴纳企业所得税。按分摊比例，注销了的分公司应分摊部分税金，这部分税金如何缴纳？
分支分配比例表是2011年6月底的时候填写，分配比例有效期：2011.7.1-2012.6-30.即在2012年第2季度进度企业所得税预缴时，还要使用这张表，注销的分公司的税款在哪里缴纳？分支机构分配表是否要重新填写？
另外，2012年6月的时候又要填写新的分支机构分配表，原则上这分配表上所使用的数据要求是2011年12月31日的总公司及各个分公司的数据，注销的分公司的数据是否还需填写？
答：《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发[2008]28号）第二条规定，居民企业在中国境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市，下同）设立不具有法人资格的营业机构、场所（以下称分支机构）的，该居民企业为汇总纳税企业（以下称企业），除另有规定外，适用本办法。
第二十二条规定，总机构在年度终了后5个月内，应依照法律、法规和其他有关规定进行汇总纳税企业的所得税年度汇算清缴。各分支机构不进行企业所得税汇算清缴。
当年应补缴的所得税款，由总机构缴入中央国库。当年多缴的所得税款，由总机构所在地主管税务机关开具"税收收入退还书"等凭证，按规定程序从中央国库办理退库。
根据上述规定，贵公司在跨省（市）设立分支机构，适用国税发[2008]28号文规定。2011年度企业所得税由总机构进行汇算清缴，分支机构（含深圳分公司、杭州分公司）不进行汇算清缴。汇算清缴后应补缴所得税款的，由总机构缴纳，该补缴税款不需要在分支机构间进行分摊。
国税发[2008]28号文件第十四条规定，撤销的分支机构，撤销当年剩余期限内应分摊的企业所得税款由总机构缴入中央国库。
第三十五条规定，分支机构注销后15日内，总机构应将分支机构注销情况报主管税务机关备案。
根据上述规定，2012年2月29日深圳分公司、杭州分公司注销。贵公司总部应在分公司注销后15日内将分支机构注销情况向总部主管税务机关报告。深圳、杭州分公司撤销当年剩余期限内应分摊的企业所得税款由总部缴纳。
在2012年度企业所得税预缴申报时，《汇总纳税分支机构所得税分配表》中应反映深圳分公司、杭州分公司分摊的所得税款。深圳分公司、杭州分公司分摊的所得税款填写在《企业所得税月（季）度预缴纳税申报表（A类）》第30行“总机构已撤销分支机构应分摊所得税额”中，由总部缴纳。