问：母公司与子公司业务简单，人员都在一起办公，但劳动合同统一与总公司签订，人员在母公司与子公司中都担任职务，工资分别从两个或多个公司领取。请问：
1.是否可以将每人在多个公司取得的工资收入合并计算个人所得税？还是只能在一个公司按工资薪金扣缴个人所得税，其他公司取得的工资需按劳务报酬收入计税？
2.人员在总部计提补充养老保险，总部在汇算清缴时是否可以按照每人从所有公司取得的合计工资额的5%以内税前扣除？
答：参考《国家税务总局关于印发〈征收个人所得税若干问题的规定〉的通知》（国税发[1994]89号）第三条*9款规定，在外商投资企业、外国企业和外国驻华机构工作的中方人员取得的工资、薪金收入、凡是由雇佣单位和派遣单位分别支付的，支付单位应依照税法第八条的规定代扣代缴个人所得税。按照税法第六条*9款*9项的法规，纳税义务人应以每月全部工资、薪金收入减除法规费用后的余额为应纳税所得额。为了有利于征管，对雇佣单位和派遣单位分别支付工资、薪金的，采取由支付者中的一方减除费用的方法，即只由雇佣单位分支付工资、薪金时，按税法法规减除费用，计算扣缴个人所得税；派遣单位支付的工资、薪金不再减除费用，以支付全额直接确定适用税率，计算扣缴个人所得税。
上述纳税义务人，应持两处支付单位提供的原始明细工资、薪金单（书）和完税凭证原件，选择并固定到一地税务机关申报每月工资、薪金收入，汇算清缴其工资、薪金收入的个人所得税，多退少补。具体申报期限，由各省、自治区、直辖市税务局确定。
第十九条规定，关于工资、薪金所得与劳务报酬所得的区分问题：
工资、薪金所得是属于非独立个人劳务活动，即在机关、团体、学校、部队、企事业单位及其他组织中任职、受雇而得到的报酬；劳务报酬所得则是个人独立从事各种技艺、提供各项劳务取得的报酬。两者的主要区别在于，前者存在雇佣与被雇佣关系，后者则不存在这种关系。
《个人所得税法》第八条规定，个人所得税，以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。个人所得超过国务院规定数额的，在两处以上取得工资、薪金所得或者没有扣缴义务人的，以及具有国务院规定的其他情形的，纳税义务人应当按照国家规定办理纳税申报。扣缴义务人应当按照国家规定办理全员全额扣缴申报。
第三十九条规定，纳税义务人兼有税法第二条所列的两项或者两项以上的所得的，按项分别计算纳税。在中国境内两处或者两处以上取得税法第二条*9项、第二项、第三项所得的，同项所得合并计算纳税。
《个人所得税自行纳税申报办法》（国税发[2006]162号）第二条第（二）项规定，从中国境内两处或者两处以上取得工资、薪金所得的，应当按照本办法的规定办理纳税申报。
第三条第二款规定，本办法第二条第二项至第四项情形的纳税人，均应当按照本办法的规定，于取得所得后向主管税务机关办理纳税申报。
第十一条规定，取得本办法第二条第二项至第四项所得的纳税人，纳税申报地点分别为：
（一）从两处或者两处以上取得工资、薪金所得的，选择并固定向其中一处单位所在地主管税务机关申报。
结合上述文件规定，对两处取得工资、薪金所得的个人，应当按照规定选择并固定在任职、受雇的一地单位所在地主管税务机关自行办理纳税申报，汇算清缴其工资、薪金收入的个人所得税，多退少补。任职、受雇的单位可由支付者中的一方减除费用的方法计算。
根据上述规定，企业上述人员在母公司受雇，同时为子公司提供服务，其从子公司取得的所得属于工资、薪金所得。母公司和子公司分别为上述人员支付工资的，只由母公司在支付工资、薪金时，按税法规定减除费用，计算扣缴个人所得税；子公司支付的工资、薪金不再减除费用，以支付全额直接确定适用税率，计算扣缴个人所得税。上述人员应持两处支付单位提供的原始明细工资、薪金单（书）和完税凭证原件，按照规定选择并固定在任职、受雇的一地单位所在地主管税务机关自行办理纳税申报，汇算清缴其工资、薪金收入的个人所得税，多退少补。
《财政部、国家税务总局关于补充养老保险费补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知》（财税[2009]27号）规定，自2008年1月1日起，企业根据国家有关政策规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除；超过的部分，不予扣除。
《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》（国税函[2009]3号）*9条规定，《实施条例》第三十四条所称的“合理工资薪金”，是指企业按照股东大会、董事会、薪酬委员会或相关管理机构制订的工资薪金制度规定实际发放给员工的工资薪金。税务机关在对工资薪金进行合理性确认时，可按以下原则掌握：
（一）企业制订了较为规范的员工工资薪金制度；
（二）企业所制订的工资薪金制度符合行业及地区水平；
（三）企业在一定时期所发放的工资薪金是相对固定的，工资薪金的调整是有序进行的；
（四）企业对实际发放的工资薪金，已依法履行了代扣代缴个人所得税义务。
（五）有关工资薪金的安排，不以减少或逃避税款为目的；
第二条规定，《实施条例》第四十、四十一、四十二条所称的“工资薪金总额”，是指企业按照本通知*9条规定实际发放的工资薪金总和，不包括企业的职工福利费、职工教育经费、工会经费以及养老保险费、医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费和住房公积金。属于国有性质的企业，其工资薪金，不得超过政府有关部门给予的限定数额；超过部分，不得计入企业工资薪金总额，也不得在计算企业应纳税所得额时扣除。
根据上述规定，企业为上述人员在母公司任职的员工支付的补充养老保险费应在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除；超过的部分，不予扣除。母公司计算汇算清缴时，工资总额应不包括其他公司支付上述员工的工资。