问：某房地产开发企业开发了一个项目，是一幢五层建筑物，*9层为商铺，第二至五层为普通住宅。该项目进行土地增值税清算时，当地税务部门和企业均不能做到分开核算普通住宅和商铺的开发成本，而采用按建筑面积平均分摊开发成本。众所周知，商铺的开发成本远远高于普通住宅的开发成本，当地税务部门采用按建筑面积平均分摊开发成本，就说明该项目不能合理准确计算普通住宅和商铺开发成本，从而无法准确计算增值额。
我认为，在执行税收政策时，对同一税收问题，新旧政策规定不一致的，按新政策执行；省地方税务局在执行国家税务总局税收政策时，结合本省实际有补充和具体规定的，按省税务局规定要求执行。
因此，根据《云南省地方税务局转发国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（云地税发[2007]180号）第二条规定，对纳税人开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别核算增值额。凡不分别核算增值额或不能准确核算增值额的，普通住宅不能适用《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第八条（一）项的免税规定，应按照其他房地产开发项目办理清算。即依据此文件规定，该项目普通住宅不能适用《中华人民共和国土地增值税暂行条例》第八条（一）项的免税规定，应按照其他房地产开发项目办理清算。
请问该项目如何进行土地增值税清算？
答：《土地增值税暂行条例实施细则》第八条规定，有下列情形之一的，免征土地增值税：（一）纳税人建造普通标准住宅出售，增值额未超过扣除项目金额20%的；……
关于既建普通标准住宅又搞其他类型房地产开发的如何计税的问题。《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]48号）规定，对纳税人既建普通标准住宅又搞其他房地产开发的，应分别核算增值额。不分别核算增值额或不能准确核算增值额的，其建造的普通标准住宅不能适用条例第八条（一）项的免税规定。
《辽宁省房地产开发企业土地增值税清算管理办法》（辽地税发[2007]102号）第三条规定，对一个清算项目中既有普通标准住宅又有非普通标准住宅的，应分别核算增值额；未分别核计算增值额的，按照普通标准住宅和非普通标准住宅的可售面积占清算项目可售面积的比例计算扣除项目金额后，分别按照普通标准住宅和非普通标准住宅的销售收入和计算的扣除项目金额计算增值额。
关于普通标准住宅与商业用房同体如何计税问题。《河南省地方税务局关于营业税、资源税、土地增值税若干征税问题的通知》（豫地税发[1997]160号）规定，我省有许多临街普通标准住宅与商业用房是同一体的，即：底层是商业性用房，上层部分是住宅楼房或其他用房。一般情况下，企业是将“同体房”作为一个项目核算的。有偿转让时，应根据土地增值税的有关规定，按照各地普通标准住宅的划分标准，分别核算商业用房和普通住宅的开发成本及费用，正确分摊有关费用，分别计算增值额。凡不能准确核算扣除项目和增值额的，不得享受普通标准住宅减免税优惠。
依据上述规定，对一个清算项目中既有普通标准住宅又有非普通标准住宅的，可按以上规定分别计算增值额、增值率，缴纳土地增值税。未分别核计算增值额的，按照普通标准住宅和非普通标准住宅的可售面积占清算项目可售面积的比例计算扣除项目金额后，分别按照普通标准住宅和非普通标准住宅的销售收入和计算的扣除项目金额计算增值额，普通标准住宅增值额未超过扣除项目金额20%的可享受免征土地增值税政策。凡不能准确核算扣除项目和增值额的，不得享受普通标准住宅减免税优惠。