问：有两家公司A和B，原预计由A取得国土证，且开始在该土地上兴建厂房办公楼取得A公司抬头的工程发票。但后续却由B公司取得国土证，房产证需由B公司取得。造成A公司没有土地，却拥有房屋建筑成本，且无法以A公司名义取得房产证。可否由A公司通过买卖方式将建筑物成本开具营业税发票给B公司？可否由B公司请会计师进行鉴价，并依鉴价报告入账？入账金额可否税前列支？
答：1、A公司可向B公司转让没有土地使用权的房屋，A公司应缴纳营业税及附加、土地增值税、企业所得税。A公司向B公司开具发票。依据如下：
《国家税务总局关于印发〈营业税税目注释（试行稿）〉的通知》（国税发[1993]149号）第九条第（一）款规定，销售建筑物或构筑物，是指有偿转让建筑物或构筑物的所有权的行为。
以转让有限产权或永久使用权方式销售建筑物，视同销售建筑物。
根据上述规定，A公司向B公司转让没有土地使用权的房屋，属于“销售不动产——销售建筑物或构筑物”，应缴纳营业税。相应还需缴纳城建税等附加税费。
按照《国家税务总局关于使用新版不动产销售统一发票和新版建筑业统一发票有关问题的通知》（国税发[2006]173号）规定，从2007年2月1日起，凡从事销售不动产的单位和个人，在销售不动产收取款项时，必须开具税务机关统一印制的《不动产发票》。《不动产发票》按照使用对象不同分为《销售不动产发票（自开）》和《销售不动产发票（代开）》两种。不动产自开发票由自开票纳税人领购和开具；不动产代开发票由税务机关代开，税务机关以外的其他单位不得代开《不动产发票》。
因此，A公司应向B公司开具《不动产发票》，A公司可向不动产所在地税务机关申请代开发票。
《土地增值税暂行条例》第二条规定，转让国有土地使用权，地上的建筑物及其附着物并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人，应当依照本条例缴纳土地增值税。
《土地增值税暂行条例实施细则》第四条*9款规定，条例第二条所称的地上的建筑物，是指建于土地上的一切建筑物，包括地上地下的各种附属设施。
因此，A公司转让没有土地使用权的房屋，属于转让地上建筑物，应缴纳土地增值税。
《企业所得税法实施条例》第十六条规定，企业所得税法第六条第（三）项所称转让财产收入，是指企业转让固定资产、生物资产、无形资产、股权、债权等财产取得的收入。
因此，A公司转让该房屋取得的收入属于转让财产收入，应计入企业收入总额计缴企业所得税。相关房屋成本可按规定在税前扣除。
2、B公司请会计师进行鉴价，依鉴价报告入账。
如果B公司属于盘盈房屋，按照《企业所得税法实施条例》第二十二条规定，企业所得税法第六条第（九）项所称其他收入，是指企业取得的除企业所得税法第六条第（一）项至第（八）项规定的收入外的其他收入，包括企业资产溢余收入、逾期未退包装物押金收入、确实无法偿付的应付款项、已作坏账损失处理后又收回的应收款项、债务重组收入、补贴收入、违约金收入、汇兑收益等。B公司盘盈的固定资产属于企业资产溢余收入，应计入收入总额缴纳企业所得税。
《企业所得税法实施条例》第五十八条规定，固定资产按照以下方法确定计税基础：……（四）盘盈的固定资产，以同类固定资产的重置完全价值为计税基础；
因此，盘盈的房屋以同类固定资产的重置完全价值为计税基础，其以后年度折旧可按规定在税前扣除。