问：某自然人以持有A公司股权评估增值参与B公司（系上市公司）定向增发，该自然人已将个人所得税缴入其户籍所在地，亦是A公司股权变更登记地的地税局。但B公司住所地的地税局要求该自然人将个人所得税再次向B公司主管税务机关补缴。B公司住所地与A公司股权变更登记地不在同一省份。
该自然人应以A公司股权变更登记地还是B公司住所地的地税局为主管税务机关，此种情况能否适用《国家税务总局关于加强股权转让所得征收个人所得税管理的通知》（国税函[2009]285号）第三条规定来确定主管税务机关？
答：《国家税务总局关于个人以股权参与上市公司定向增发征收个人所得税问题的批复》（国税函[2011]89号）规定，根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例等规定，南京浦东建设发展有限公司自然人以其所持该公司股权评估增值后，参与苏宁环球股份有限公司定向增发股票，属于股权转让行为，其取得所得，应按照“财产转让所得”项目缴纳个人所得税。
《国家税务总局关于加强股权转让所得征收个人所得税管理的通知》（国税函[2009]285号）第三条规定，个人股东股权转让所得个人所得税以发生股权变更企业所在地地税机关为主管税务机关。纳税人或扣缴义务人应到主管税务机关办理纳税申报和税款入库手续。
依据上述规定，该自然人为原A公司股东，其将所持A公司股权参与B上市公司定向增发的行为，属于转让A公司股权的行为，应在股权变更A公司所在地缴纳个人所得税，不向B地税务机关纳税。