问：《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）*9条规定：土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算。第二条规定：符合下列情形之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的。
甲房地产企业A房地产项目已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例达到86%，如何确定该项目土地增值税增值额？
*9种做法：按A房地产项目最近月份平均销售单价（主管税务机关认为合理的价格），对尚未销售（占整个项目房地产转让收入的比例为14%）的商品房进行估价，将未售商品房估价收入加上已售商品房转让收入作为整个项目房地产转让收入，以整个项目房地产转让收入减去整个项目扣除项目金额合计，得出该项目土地增值税增值额。
第二种做法：先按已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例（本例为86%）乘以整个项目扣除项目金额，得出已销商品房扣除项目金额合计；然后以已销商品房转让收入减去已销商品房扣除项目金额合计，得出已销商品房土地增值税增值额作为整个项目土地增值税增值额。
请问：以上两种计算A房地产项目土地增值税增值额的做法哪种正确？如都不正确，请指导我们如何确定上述A房地产项目土地增值税增值额？
答：《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税〔2006〕21号）规定，对已竣工验收的房地产项目，凡转让的房地产的建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上的，税务机关可以要求纳税人按照转让房地产的收入与扣除项目金额配比的原则，对已转让的房地产进行土地增值税的清算。
清算后再转让房地产的处理。《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）规定，在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。
单位建筑面积成本费用=清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积。
依据上述规定，房地产企业按照转让房地产的收入与扣除项目金额配比的原则，对已转让的房地产进行土地增值税的清算。 清算后销售或有偿转让的，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。因此，按第二种做法对已转让的房地产进行土地增值税的清算。