问：我公司是广东惠州的房地产企业，目前在惠州开发一房地产项目，该项目经有关部门批准为一个开发项目，但是该项目中有普通住宅、非普通住宅和商业房。
请问在申请土地增值税清算项目中可以按整个项目申报计算缴纳土增税，还是必须分普通住宅、非普通住宅和商业房分别核算土地增值税申报？
答：《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）*9条规定，土地增值税的清算单位：
土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。
开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。
《惠州市地方税务局关于明确房地产开发企业土地增值税清算有关问题的通知》（惠地税政便函 〔2008〕25 号）*9条规定，根据《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187 号）*9条规定，土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算；开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。因此，在进行土地增值税清算时应将普通住宅以外的其他部分包括开发项目中的车库、商铺作为非普通住宅一并计算增值额，并以此为依据计算适用的增值率和税率。
根据上述规定，贵公司在开发项目中包括普通住宅、非普通住宅和商业房，贵公司应分别计算普通住宅和普通住宅以外部分（非普通住宅和商业房）的增值额，计缴土地增值税。