问：1、根据《国家税务总局关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》（国税函〔2009〕698号）规定，中国境外非居民企业取得中国境内企业的股权转让所得时应缴纳股权转让所得税；然其股权转让所得的确认和计算问题是否须按照《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函〔2010〕79号）第三条所规定的企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现；转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得？也就是说，即使是转让股权协议已经生效，如果没有完成股权变更手续，可不视为收入所得已经实现；股权转让应以完成股权变更手续为收入与成本的时间确认点？
2、《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函〔2010〕79号）第三条所规定的企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现；若境外非居民企业交易双方是关联企业是否不适用此项规定？
答：1、关于股权转让所得确认时间问题。《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函〔2010〕79号）规定，企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。
《国家税务总局关于非居民企业所得税管理若干问题的公告》（国家税务总局公告2011年第24号）第六条规定，非居民企业直接转让中国境内居民企业股权，如果股权转让合同或协议约定采取分期付款方式的，应于合同或协议生效且完成股权变更手续时，确认收入实现。
根据上述规定，非居民企业股权转让（包括向其关联方转让）股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。如果股权转让合同或协议约定采取分期付款方式的，应于合同或协议生效且完成股权变更手续时，确认收入实现。
2、非居民企业股权转让所得的计算，应适用《国家税务总局关于加强非居民企业股权转让所得企业所得税管理的通知》（国税函〔2009〕698号）规定，股权转让所得是指股权转让价减除股权成本价后的差额。
股权转让价是指股权转让人就转让的股权所收取的包括现金、非货币性资产或者权益等形式的金额。如被投资企业有未能分配的利润或税后提存的各项基金等，股权转让人随股权一并转让该股东留存收益权的金额，不得从股权转让价中扣除。
股权成本价是指股权转让人投资入股时向中国居民企业实际交付的出资金额，或购买该项股权时向该股权的原转让人实际支付的股权转让金额。