问：房地产开发企业缴纳的耕地占用税在土地增值税清算时如何扣除？
答：《土地增值税暂行条例实施细则》第七条规定，条例第六条所列的计算增值额的扣除项目，具体为：……。
（二）开发土地和新建房及配套设施（以下简称房地产开发）的成本，是指纳税人房地产开发项目实际发生的成本（以下简称房地产开发成本），包括土地征用及拆迁补偿费、前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用。
土地征用及拆迁补偿费，包括土地征用费、耕地占用税、劳动力安置费及有关地上、地下附着物拆迁补偿的净支出、安置动迁用房支出等。
因此，房地产开发企业缴纳的耕地占用税，允许作为房地产开发成本计算增值额的扣除项目。