问：我公司在建一栋商住楼（位于江苏），地下一层为储物间及地下停车位，地上1～5层为商铺，6～30层为商品住宅。在土地增值税清算过程中：
问题1、将该项目作为一个项目主体计算增值率？
2、将1～5层商铺部分与其他部分分别计算增值率缴纳土地增值税？
3、分4部分计算地下车位、储物间、商铺、住宅楼的增值率，缴纳土地增值税？
答：关于既建普通标准住宅又搞其他类型房地产开发的如何计税的问题《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字〔1995〕48号）规定，对纳税人既建普通标准住宅又搞其他房地产开发的，应分别核算增值额。不分别核算增值额或不能准确核算增值额的，其建造的普通标准住宅不能适用条例第八条（一）项的免税规定。
《江苏省地方税务局关于土地增值税有关业务问题的公告》（苏地税规〔2012〕1号）第二条土地增值税核算对象规定，土地增值税以纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算。同一开发项目中包含多种类型房地产的，按以下类别作为核算对象，分别计算收入、扣除项目金额、增值额、增值率，缴纳土地增值税。
（一）普通标准住宅；
（二）其他类型住宅（含普通住宅和非普通住宅）；
（三）非住宅类房产。
因此，在土地增值税清算中，开发项目中既包括普通住宅又包括非普通住宅（包括非普通住宅、车库、营业用房），开发企业应当分别计算普通标准住宅、其他类型住宅、非住宅类房产（地下车位、储物间、商铺）的增值额、增值率以及土地增值税税额。