问：A、B为有关联关系的两个独立法人单位，A将其土地出租给B使用。
请问如果双方协议中明确土地使用税由B缴纳，可以由B直接申报缴纳吗？
答：《国家税务局关于检发〈关于土地使用税若干具体问题的解释和暂行法规〉的通知》（国税地字〔1988〕15号）规定，关于纳税人的确定土地使用税由拥有土地使用权的单位或个人缴纳。拥有土地使用权的纳税人不在土地所在地的，由代管人或实际使用人纳税；土地使用权未确定或权属纠纷未解决的，由实际使用人纳税；土地使用权共有的，由共有各方分别纳税。
《财政部、国家税务总局关于集体土地城镇土地使用税有关政策的通知》（财税〔2006〕56号）规定，在城镇土地使用税征税范围内实际使用应税集体所有建设用地、但未办理土地使用权流转手续的，由实际使用集体土地的单位和个人按规定缴纳城镇土地使用税。
根据上述规定，土地使用税的纳税人是法定的，而不能由双方来约定，土地使用税由拥有土地使用权的单位或个人缴纳。拥有土地使用权的纳税人不在土地所在地的，由实际使用人纳税。对于使用应税集体所有建设用地、但未办理土地使用权流转手续的，也由实际使用人按规定缴纳城镇土地使用税。