问：甲公司（生产企业）注册资本1400万元，由A公司（生产企业）、B（自然人）、C（自然人）三股东投资成立，其中A公司以本企业的房屋和土地使用权投资入股（评估价值700万元，已按评估价值交纳契税并办理产权证到甲公司），入股价值602万元占注册资本的43%，现A股东按602万元转让其持有甲公司的全部股份给B股东（转让时房屋和土地使用权评估价值650万元），那么A股东在股权转让过程中承担哪些税费，怎样计算？
答：《企业所得税法实施条例》第十六条规定，企业所得税法第六条第（三）项所称转让财产收入，是指企业转让固定资产、生物资产、无形资产、股权、债权等财产取得的收入。
《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函〔2010〕79号）第三条关于股权转让所得确认和计算问题规定，企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。
根据上述规定，企业转让股权收入应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现，并按规定计缴企业所得税。
《国家税务总局关于印花税若干具体问题的解释和规定的通知》（国税发〔1991〕155号）规定：
十、“产权转移书据”税目中“财产所有权”的转移书据的征税范围如何划定？
“财产所有权”转移书据的征税范围是：经政府管理机关登记注册的动产、不动产的所有权转移所立的书据，以及企业股权转让所立的书据。
《印花税暂行条例》税目税率表规定，产权转移书据 按所载金额万分之五贴花。
《税收征收管理办法》第三十五条规定，纳税人有下列情形之一的，税务机关有权核定其应纳税额：（六）纳税人申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。
综上所述，企业转让股权涉及企业所得税和印花税，纳税人申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的，税务机关有权核定企业所得税和印花税的应纳税额。企业所得税法中对问题所述的股权转让收入计税依据确定没有明确规定。实践中税务机关有可能按照净资产进行核定。以下股权转让所得个人所得税计税依据核定问题供参考：
参考《国家税务总局关于股权转让所得个人所得税计税依据核定问题的公告》（国家税务总局公告2010年第27号）第二条规定，计税依据明显偏低且无正当理由的判定方法。
（一）符合下列情形之一且无正当理由的，可视为计税依据明显偏低：
1.申报的股权转让价格低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的；
2.申报的股权转让价格低于对应的净资产份额的；
3.申报的股权转让价格低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让价格的；
4.申报的股权转让价格低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让价格的；
5.经主管税务机关认定的其他情形。
（二）本条*9项所称正当理由，是指以下情形：
1.所投资企业连续三年以上（含三年）亏损；
2.因国家政策调整的原因而低价转让股权；
3.将股权转让给配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人；
4.经主管税务机关认定的其他合理情形。
第三条规定，对申报的计税依据明显偏低且无正当理由的，可采取以下核定方法：
（一）参照每股净资产或纳税人享有的股权比例所对应的净资产份额核定股权转让收入。
对知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权等合计占资产总额比例达50%以上的企业，净资产额须经中介机构评估核实。
（二）参照相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让价格核定股权转让收入。
（三）参照相同或类似条件下同类行业的企业股权转让价格核定股权转让收入。
（四）纳税人对主管税务机关采取的上述核定方法有异议的，应当提供相关证据，主管税务机关认定属实后，可采取其他合理的核定方法。