问：公司准备拆除一幢厂房，并申请注销房产证，流转税、契税、企业所得税如何处理？
答：1、流转税
《增值税暂行条例》*9条规定，在中华人民共和国境内销售货物或者提供加工、修理修配劳务以及进口货物的单位和个人，为增值税的纳税人，应当依照本条例缴纳增值税。
《营业税暂行条例》*9条规定，在中华人民共和国境内提供本条例规定的劳务、转让无形资产或者销售不动产的单位和个人，为营业税的纳税人，应当依照本条例缴纳营业税。
根据上述规定，如果贵公司在拆除厂房后，将残料进行出售，则需要增值税，不涉及营业税。
2、契税
《契税暂行条例》*9条规定，在中华人民共和国境内转移土地、房屋权属，承受的单位和个人为契税的纳税人，应当依照本条例的规定缴纳契税。
根据上述规定，承受土地、房屋权属的单位和个人为契税的纳税人，贵公司拆除厂房不涉及契税。
3、企业所得税
《国家税务总局关于发布的公告》（国家税务总局公告2011年第25号）第三条规定，准予在企业所得税税前扣除的资产损失，是指企业在实际处置、转让上述资产过程中发生的合理损失（以下简称实际资产损失），以及企业虽未实际处置、转让上述资产，但符合《通知》和本办法规定条件计算确认的损失（以下简称法定资产损失）。
第四条规定，企业实际资产损失，应当在其实际发生且会计上已作损失处理的年度申报扣除；法定资产损失，应当在企业向主管税务机关提供证据资料证明该项资产已符合法定资产损失确认条件，且会计上已作损失处理的年度申报扣除。
第五条规定，企业发生的资产损失，应按规定的程序和要求向主管税务机关申报后方能在税前扣除。未经申报的损失，不得在税前扣除。
第九条规定，下列资产损失，应以清单申报的方式向税务机关申报扣除：
（三）企业固定资产达到或超过使用年限而正常报废清理的损失；
第十条规定，前条以外的资产损失，应以专项申报的方式向税务机关申报扣除。企业无法准确判别是否属于清单申报扣除的资产损失，可以采取专项申报的形式申报扣除。
根据上述规定，贵公司厂房拆除发生的损失可以在当年税前扣除，如果该厂房已经达到或超过使用年限而正常报废，则可以清单申报的方式税前扣除，否则应当以专项申报的方式向税务机关申报扣除。