问：我集团有物流公司，有部分自有车辆，但大部分转包运输任务给其他运输公司，我公司是属于运输业务还是代理业务？如果是代理运输，如何开具发票，净额还是全额？现有部分供应商为我公司全额开具运输代理发票，我公司给客户开具运输发票，或者供应商给我公司开具运输发票，我公司给客户开具代理发票，如此操作是否合适？计税时可以扣除供应商的运输费用吗？
答：《财政部、国家税务总局关于将铁路运输和邮政业纳入营业税改征增值税试点的通知 》（财税〔2013〕106号）附《应税服务范围注释》*9条交通运输业规定，交通运输业，是指使用运输工具将货物或者旅客送达目的地，使其空间位置得到转移的业务活动。包括陆路运输服务、水路运输服务、航空运输服务和管道运输服务。
第三条第（四）款第5项规定，货物运输代理服务，是指接受货物收货人、发货人、船舶所有人、船舶承租人或船舶经营人的委托，以委托人的名义或者以自己的名义，在不直接提供货物运输服务的情况下，为委托人办理货物运输、船舶进出港口、联系安排引航、靠泊、装卸等货物和船舶代理相关业务手续的业务活动。
财税〔2013〕106号附件1《营业税改征增值税试点实施办法》第三十三条规定，销售额，是指纳税人提供应税服务取得的全部价款和价外费用。
附件2《营业税改征增值税试点有关事项的规定》*9条规定，试点纳税人〔指按照《营业税改征增值税试点实施办法》（以下称《试点实施办法》）缴纳增值税的纳税人〕有关政策
（四）销售额。
5.试点纳税人提供知识产权代理服务、货物运输代理服务和代理报关服务，以其取得的全部价款和价外费用，扣除向委托方收取并代为支付的政府性基金或者行政事业性收费后的余额为销售额
根据上述规定，如贵公司使用运输工具提供运输劳务，则属于交通运输业。应开具货物运输发票；如不直接提供货物运输服务，而为委托人办理货物运输等相关业务，则属于部分现代服务业里的物流辅助业务。无论是哪种业务，均应按向付款方收取的全部价款和价外费用开具发票。
如贵公司从事货物运输代理劳务，贵公司可就实际收取的代理费开具增值税发票，而对于委托方应支付的运输费用，不得扣除，建议由提供运输劳务一方直接收取并为委托方开具货物运输专用发票。