问：我单位属于农产品生产企业，将种子先卖给总公司并开具发票，然后总公司再卖给客户。我单位销售种子给总公司是否属于关联交易？纳税方面有何风险？总公司对外销售种子流转税及所得税有无税收优惠政策？
答：贵公司与总公司为关联关系，根据《税收征收管理法》第三十六条规定，企业或者外国企业在中国境内设立的从事生产、经营的机构、场所与其关联企业之间的业务往来，应当按照独立企业之间的业务往来收取或者支付价款、费用；不按照独立企业之间的业务往来收取或者支付价款、费用，而减少其应纳税的收入或者所得额的，税务机关有权进行合理调整。
《财政部、国家税务总局关于若干农业生产资料征免增值税政策的通知》（财税〔2001〕113号）*9条规定，下列货物免征增值税：
……4、批发和零售的种子、种苗、化肥、农药、农机。
根据上述规定，总公司将购入贵公司种子向外销售时，可享受免征增值税优惠政策。
《企业所得税法实施条例》第八十六条规定，企业所得税法第二十七条第（一）项规定的企业从事农、林、牧、渔业项目的所得，可以免征、减征企业所得税，是指：
（一）企业从事下列项目的所得，免征企业所得税：
1.蔬菜、谷物、薯类、油料、豆类、棉花、麻类、糖料、水果、坚果的种植；
2.农作物新品种的选育；
《国家税务总局关于实施农、林、牧、渔业项目企业所得税优惠问题的公告》（国家税务总局公告2011年第48号）第十条规定，企业购买农产品后直接进行销售的贸易活动产生的所得，不能享受农、林、牧、渔业项目的税收优惠政策。
根据上述规定，总公司购入种子直接销售的所得，不能享受农、林、牧、渔业项目所得税优惠政策。