之所以把纳税评估称为税务稽查的近亲，是因为它们的工作流程、工作目标有一定的相似性，在纳税人看来，纳税评估通过资料分析、评估约谈等方式查找税收问题，几乎就是一种间接的纳税检查，*9次接触，一不小心会把它当作税务稽查。根据国家税务总局《纳税评估管理办法》的有关精神，纳税评估是指税务机关运用数据信息对比分析的方法，对纳税人和扣缴义务人纳税申报（包括减免缓抵退税申请，下同）情况的真实性和准确性作出定性和定量的判断，并采取进一步征管措施的管理行为。
与税务稽查不同的是，纳税评估工作主要由基层税务机关的税源管理部门及其税收管理员负责，重点税源和重大事项的纳税评估也可由上级税务机关负责。对于基层税务机关来说，纳税评估是其实施科学化、规范化、精细化税收管理不可缺少的重要手段和方法。目前，各地都制定出适合本地区特点的纳税评估管理办法，对纳税评估工作的管理提出了明确而具体的办法。一般情况下，纳税评估工作有如下基本流程：
一、选定评估对象二、由纳税评估人员按照纳税人的纳税申报信息和其他相关信息，通过预先设定的条件和指标，对纳税人进行筛选，确定纳税评估对象，这一过程与税务稽查的选案环节相类似，只不过这一环节由评估人员进行，并没有象稽查一样“四分离”。
选定纳税评估对象时，应根据纳税人所属行业、经济类型、经营规模、信用等级等情况，有侧重选择重点税源、特殊行业的重点企业、税负异常变化、达到或超过预警指标、长时间零申报、纳税信用等级较低、日常管理中发现涉税问题比较集中的纳税人，因为这类企业存在税收问题的可能性更大。选定对象后，制作纳税评估对象清册，下达纳税评估计划，开始实施评估分析。
二、评估分析
这是纳税评估工作中最重要的环节，类似于税务稽查的检查环节。在这一环节中，评估人员通过指标测算、审核比对、关联分析等综合方法，参照行业税负或区域税源变化规律以及上级发布的预警指标，对已选定的纳税评估对象纳税申报的真实性、合法性、准确性进行判断、评价、确认。主要内容有：审核纳税人各项纳税申报资料是否完整、真实、合法；纳税人是否按照税法规定和主管地税机关的核定、认定、审批事项的规定程序与时限履行了申报纳税义务，纳税规模、税收负担与行业税负预警指标有无明显差异；审核纳税人纳税申报表主表、附表和扣缴义务人代扣代缴、代收代缴税款报告表的项目、数字填写是否完整，适用的税目、税率及各项数字计算是否准确，主表、附表及项目、数字之间的逻辑关系是否正确等。
三、约谈核实
这一阶段，纳税评估人员对评估分析发现的问题或疑点，约请纳税人进行调查询问、核实，如有必要，纳税评估人员可到企业实地调查核实。约谈核实工作结束后，纳税评估人员应根据调查核实结果制作《纳税评估调查核实报告》，连同《纳税评估约谈核实记录》、实地调查取证的资料、以及纳税人提供的证明资料一并移交纳税评估部门。
四、评定处理
这一阶段，纳税评估人员要对评估分析过程中发现的问题和疑点逐一进行认定，逐户制作纳税评估结论书。纳税评估结论书主要内容应当包括：纳税评估对象、纳税评估税款所属期间、纳税评估内容、评估分析发现的疑点、纳税评估重点核实的问题、纳税评估资料（信息）来源、纳税评估步骤和具体方法、评估结果的认定和处理意见等内容。
根据不同的评定结果，有如下不同的处理意见：一是经评估分析有问题或疑点，但纳税人能提供相应证据说明和消除问题或疑点的；确定为正常纳税户归档。二是纳税人承认存在申报纳税或申报解缴税款差异事实，并能通过自查重新申报，补缴税款、滞纳金等方式消除存在差异的，将纳税评估结论通知主管地税机关，监督纳税人限期改正；待纳税人自行纠正后，将有关补正资料与评估结论一并归档。三是纳税人无正当理由和证据说明和消除疑点或异常，又不愿自查纠正的；纳税人拒绝约谈核实的；经评估分析和调查核实，发现纳税人存在偷逃骗税行为，且情节严重、数额较大的，制作《纳税评估选案建议书》，移送稽查部门查处。
从国家税务总局和各地的纳税评估管理办法可以看出，纳税评估操作程序严格，注重人性化管理服务，其程序简单，处理结果更灵活些，主要目的还是促进诚信纳税、加强税源监控、督促自查自纠，因此，对企业来说，如果有涉税问题，接受纳税评估自然比接受稽查更有利，在接受纳税评估时，配合主管税种机关查找问题并在税务机关指导下纠正应是明智的选择，否则，转入稽查，税务风险便会骤然加大，对企业是极其不利的。
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