行政事业单位财务管理中存在的主要问题
(一)财务管理制度不健全
由于单位领导的不重视，行政事业单位财务管理制度建设较为落后，一些制度并不适应经济业务的发展，但仍未修订，一些需要用制度规范的经济行为，大部分单位不愿出台相应的制度，而是以通知的形式或是口头的传达，形不成用制度管人、用制度管事的机制，导致部分单位财务人员和单位负责人违规违纪行为的发生。
(二)公务卡结算尚未全面推广
推广使用公务卡，减少现金支出，对于有效监督资金使用的去向，保证单位资金科学规范使用具有重要意义。当前我国政府公务卡虽已经全面铺开，但是使用范围相对较窄，使用制度尚不完善，管理上也不够规范，这极大限制了行政事业单位公务卡的推广使用。公务卡以个人名义办理，信用由个人负担，设计上的不合理严重阻碍了公务卡在行政事业单位的推行。
(三)财务管理信息系统使用不规范
随着信息时代的到来，财务管理信息化逐步实现，但在具体使用过程中部分单位未按照要求安装保密软件、杀毒软件和防火墙，系统受到外来攻击出现故障的情况时有发生，这些问题的出现导致相关财务信息丢失，甚至系统瘫痪，对正常的财务管理活动造成严重影响。部分单位为规避财政检查和审计监督，设置两套账，造成财务信息混乱，严重违反相关财务管理规定。
(四)资产管理不规范
行政事业单位的资产较多，有的是通过政府采购，有些是单位自行采购，有的是上级部门划拨的，也有的是历史遗留的，资产各种各样，加大了资产管理的难度，部分单位存在资产长期挂账的行为，资产实际已经处置，但仍挂在账上。有的购买后长期不入账，规避审计的监督。在资产实际管理过程中，部分行政事业单位忽视资产的日常维护管理，磨损、毁损现象严重，导致国有资产的大量流失。
(五)内部控制不健全
良好的内部控制是做好财务管理工作的基础，内部控制制度不健全，财务管理工作必定会出现问题。由于服务范围的不断扩大，人员受编制影响得不到有效的补充，行政事业单位内部控制机构不健全，导致各个岗位之间的相互制约机制不完善，一人多岗，不相容职务由一人承担，部分行政事业单位财务上仍存在支票与财务章一人管理的现象，这些内部控制上的漏洞大大增加了财务人员的违规违法机会。部分单位通过建立自收自支、企业化管理性质的分支机构，转移单位资金，将本应单位收取的收费项目转移至自收自支单位来收取，以此逃避监管。有的行政事业单位违反规定设立小金库，不配合社会监督，套取单位资金，损害国家利益。
(六)预、决算发挥的作用较小
预算和决算是行政事业单位使用财政资金必须履行的程序，然而在实际工作中，预、决算却起不到应有的作用。部分单位编制的预算不够合理，只是核算总数，具体预算项目则不细算，等财政资金拨付后则随便支付，根本不按照预算执行。决算中，部分行政事业单位并不重视，只核算收入和支出，并不具体到各收入和支出项目。
