争议评价

 

　　任何一个不带偏见的人都承认，方舟子对学术打假作出过贡献。与此同时，对方舟子本人涉嫌抄袭的指责也没有停止，但他始终不承认自己存在任何形式的学术不端行为，并时常为此与学界人士爆发激烈论战，这使得他的形象颇受争议。
 

　　语言暴力

 

　　方舟子常常对打假的对象进行激烈的人身攻击。法律学者萧瀚称之为“语言暴力”。杂文家鄢烈山称方舟子“一点就炸”，行文用语粗暴，有“文革”红卫兵、红小兵的遗风。

 

　　不愿认错

 

　　方舟子的决不认输、决不认错是科学圈内公认的特点，他从不对自己的某些被人认为错误的言行道歉。方舟子“不愿认错”的态度常常引起争议。

 

　　双重标准

 

　　有人认为，方舟子有时在打假中对不同的人或事物使用了不同的标准，如北京大学教授刘华杰曾说：“方舟子批评别人采用的是一套标准，自己做事采用的是另一套标准”；中国社科院学者易华认为方“反差很大，双重标准明显———看别人的毛病很清楚，自己的缺陷不觉察”。

 

　　话语霸权

 

　　方舟子被批评为在新语丝网站上既是老板，又是编辑，又是辩论对手。清华大学科技史教授刘兵认为，方舟子在学术打假时集“侦查、控告、审判”于一身；其对“假”的认定，并非由学术共同体以集体的方式来认定。另外，在不同观点并存的情况下，阐述自己的观点，并理解他人观点的合理性，这是学者最基本的态度，方舟子没有做到这一点。北京大学教授刘华杰等人亦指责方舟子用科学的帽子打压人。对此，方舟子在2010年接受南方都市报采访时，称所谓“话语霸权”是没有依据的。他强调自己的话语权和普通人一样，自己只是提供一个平台，手上并没有做法官的权力，打假只是个人见解，不会使造假者受到什么惩罚。

 

　　方舟子文章在发表后，往往迅速被网民转载，并引起激烈讨论，其“打假”动机经常受到他人的揣测，一些被揭露的对象亦在媒体上批判方舟子，甚至将方舟子告上法庭。另外，方舟子也因为对中医、气功、宗教等的贬低和批判、言论中的伦理争议，以及激进的行事作风受到批评。