《房地产开发经营业务企业所得税处理办法》（国税发[2009]31号）对房地产企业的收入处理进一步作出比较明确的规定。国税发[2009]31号文件不再有预售收入的表述、该文第六条规定，企业通过正式签订《房地产销售合同》或《房地产预售合同》所取得的收入，应确认为销售收入的实现。第九条规定“开发产品完工后，企业应及时结算其计税成本并计算此前销售收入的实际毛利额，同时将其实际毛利额与其对应的预计毛利额之间的差额，计入当年度企业本项目与其他项目合并计算的应纳税所得额”表述的也是此前销售收入的实际毛利额。
从这点来看房地产企业销售收入的规定与《企业会计准则第14号——收入》关于销售商品的收入确认规定有所不同，同一般企业适用的收入确认标准即《国家税务总局关于确认企业所得税收入若干问题的通知》（国税函[2008]875号）中“（一）企业销售商品同时满足下列条件的，应确认收入的实现：1.商品销售合同已经签订，企业已将商品所有权相关的主要风险和报酬转移给购货方；2.企业对已售出的商品既没有保留通常与所有权相联系的继续管理权，也没有实施有效控制；3.收入的金额能够可靠地计量；4.已发生或将发生的销售方的成本能够可靠地核算。”相比有自身的特殊性，所以正确理解该文关于销售收入的确认规定对于准确计算房地产企业所得税至为重要。
根据国税发[2009]31号文件和《企业所得税法实施条例》中关于业务招待费、广告宣传费扣除的规定，房地产企业按《企业会计准则》核算的预售收入是可以作为业务招待费和广告宣传费的扣除基数的，不再按国税发[2006]31号文的规定待实际结转为收入时再将其作为计算基数。
国税发[2009]31号文件第十二条 “企业发生的期间费用、已销开发产品计税成本、营业税金及附加、土地增值税准予当期按规定扣除”的规定也对各地在执行国税发[2009]31号文件中对于会计确认的预售收入所预缴的营业税金及附加是否扣除不够统一的情况进行了明确，即按实际发生的原则进行扣除。
根据国税发[2009]31号文件规定，上述甲房地产公司计算的2008年、2009年度应纳企业所得税为：
2008年度可扣除管理人员工资50万元、业务招待费20万元（4000×0.5%=20，90×60%=54，20＜54，应扣除20万元）、广告宣传费300万元（4000×15%=600，300＜600，可全额扣除）、营业税金及附加262万元，合计632万元。当年未完工产品销售收入预计毛利额为400万元，全年应纳税所得额为-232万元。
2009年度当年完工产品A1房产总计销售收入为6000万元，开发成本为4000万元，毛利2000万元，扣除2008年度的预计毛利额400万元，加上当年A2房产销售收入5000万元的预计毛利额500万元，合计2100万元。
可扣除管理人员工资55万元；业务招待费按当年销售收入7000万元计算的扣除限额为35万元，实际支出60万元的60%为36万元，实际扣除35万元；广告宣传费当年销售收入7000万元的扣除限额为1050万元，实际发生额200万元可全额扣除；营业税金及附加应按当年销售收入7000万元的实缴数扣除458.5万元[（5000+2000）×（5.55%+1%）=458.5].合计748.5万元。
2009年度应纳税所得额为1351.5万元，可弥补2008年度亏损232万元，实际应纳税所得额为1119.5万元，应纳企业所得税279.875万元。
另外需要注意的是，对于房地产企业会计核算的预售收入作为广告宣传费、业务招待费的扣除基数在企业所得税年度纳税申报表中的填列，企业所得税年度纳税申报表中逻辑关系有表间关系：附表一《收入明细表》中第1栏金额与附表八《广告费和业务宣传费跨年度纳税调整表》中第4栏金额应一致。会计核算的预售收入在申报时应填在附表一《收入明细表》中第16栏视同销售收入中的其他视同销售收入中。
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