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基本原则，使购销双方相互制约的增值税链条机制解体，从而根本上违背了增值税的原理，在制度和管理层面均为虚开或有货虚开收购凭证骗税提供了空间，动摇了增值税税制稳定运行的根基。因此，取消免税农产品抵扣政策，重建增值税链条非常必要。
（二）加大宣传教育力度。税务部门要对纳税人尤其是企业法人代表、财会人员、销售人员进行税收业务知识和税收法律知识的宣传教育，有针对性地举办知识讲座，使其了解“有货虚开”也是虚开增值税专用发票，也是犯罪，其危害性更大。要教育纳税人真正从思想上认识到“有货虚开”所带来的危害和产生的严重后果，主动加强财务管理，不断增强防范意识，自觉抵制虚开增值税发票的犯罪行为。同时，从提高会计人员素质入手，主管税务机关要主动加强与当地财政部门的沟通与交流，研究会计人员依法诚信纳税从业管理的相关办法，提高会计人员依法诚信纳税的意识，规范企业会计核算水平。主管税务机关在日常税收征管中发现企业会计人员违反税法的规定、违反发票开具规定的，由主管税务机关在辖区内企业纳税人中进行通报，并通过召开联席会议等形式，依照信息交流反馈制度的规定提交财政部门处理，由财政部门视其情节的轻重，分别给予责令改正、罚款、以及吊销会计从业资格证书等处罚。通过联合执法，进一步加强对企业会计人员的约束，增强会计人员责任心，防范“有货虚开”现象的发生。
（三）加强税务日常监控管理，严防“有货虚开”问题发生。
1、从受票方着手，堵塞“虚抵”漏洞。之所以出现“有货虚开”现象，关键是有需求发票的买方市场。因此，单从开票方控制“有货虚开”往往比较困难。虚开行为虽然发生在开票方，但造成的危害却在受票方，直接导致下游企业虚抵进项，流失税款，甚至给下游企业二次虚开创造条件。因此，要从开票方、受票方双管齐下，前堵后截，打击“有货虚开”不法行为。首先要从下游 “虚抵” 受票方“票、款、物的一致性”作为 “突破口”，强化日常监控措施。
2、推行《商贸企业增值税管理系统》。在商业企业领域内及早推行《商贸企业增值税管理系统》，利用电子扫描、汉字识别和数据处理技术，将进项数据、销项数据所涉及的增值税专用发票、销货清单和电脑版增值税普通发票进行图像扫描，全面获取纳税人销售、购进商品的品名、规格、数量、单价、金额、税率、税额等信息，使购销双方的所有票面信息构成一个完整的企业发票信息库。通过对购销商品信息的比对，核实企业是否存在通过超范围开具发票的现象，是否存在多抵税款的问题，是否存在虚开发票的问题。
3、规范企业财务核算，建立存货控制制度。一是要求企业规范帐务核算。企业实物保管部门要逐笔记录存货收发存明细账，明细帐应按存货的规格、型号进行具体的明细核算。存货明细账要记账及时，按原始凭证逐笔登记收、发数量和金额，并结出结存数，不得在月底或较长时段内一次性汇总记账。二是要求纳税人完善内部控制制度。企业的实物保管人员在发出商品填制出库凭证时，应在出库凭证上要求领货人签字并注明身份证号码，对上门提货的应在出库（提货）凭证上标明运输车辆的号码，同时按日向财务部门传递。有条件的企业可配备身份证识别系统，留存上门提货及运输人员身份证信息资料，防止不法分子套取增值税专用发票。三是规范纳税人专用发票开具管理。要求纳税人按照增值税纳税义务的发生时间逐笔开具增值税专用发票，不得提前和滞后。对违反《增值税专用发票使用规定》行为的进行处罚，暂扣其结存的专用发票和IC卡，逾期仍不改正的，停止其增值税专用发票领购资格。购货方取得未按规定开具的专用发票一律不得作为扣税凭证。
4、对敏感行业和企业实行“核查供票”措施。对用票量较大的商贸企业、以及再生资源加工、利用成品油、钢材、运输发票、农产品收购凭证抵扣进项税款数额较大且占比较高的加工企业实行限次限量领购增值税专用发票，并实行“核查供票”制度，有效监控虚开虚抵现象，发现苗头性的问题，及早采取暂停供票或评估等管理措施。
（四）发挥稽查手段，加大打击虚开虚抵力度。
对有虚开嫌疑的企业要及时移交稽查，通过稽查手段，加大虚开案件的查处力度。在查处过程中可以请公安部门提前介入，采取必要的经侦手段，集中力量和时间，抓获犯罪嫌疑人，找准案件突破口;最后，可通过落实稽查公告制度，曝光此类涉税案件，震慑一方，切实做到查结一批、惩治一批、曝光一批，严厉打击偷、骗、抗税的违法犯罪行为。
在处理“有货虚开”案件中，要针对出现“有货虚开”的事实及情节，分别不同情况进行处理：对于恶意“虚抵”企业严格从严从重打击，并从查处“虚抵”企业查找线索，顺藤摸瓜，追查上游虚开企业，延伸查处开票方的“有货虚开”问题，对有落实属于内外勾结、主观故意“有货虚开”的企业从严从重打击，对于经落实属于不了解真实交易对象情况，善意出现“有货虚开”的行为，要责令企业完善财务管理制度，并从开具限额和供票等方面加强日常管理，避免无形中出现“有货虚开”现象的发生；对于倒票专业化的 “中间人”，要提请公安机关配合进行从严从重打击，避免出现“抓了罚款后放人，放人后继续作案”的尴尬局面。
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