问：企业用地不是在镇政府驻地，而是在村庄，是否要缴纳土地使用税？
答：根据国务院关于修改《中华人民共和国城镇土地使用税暂行条例》的决定（中华人民共和国国务院令第483号）第二条规定，在城市、县城、建制镇、工矿区范围内使用土地的单位和个人，为城镇土地使用税（以下简称土地使用税）的纳税人，应当依照本条例的规定缴纳土地使用税。只有在城市、县城、建制镇、工矿区范围内，才属于土地使用税的征税范围。
因此，贵公司拥有的农村土地，不在城镇土地使用税的开征范围内，不征土地使用税。
另外应注意，根据《财政部、国家税务总局关于集体土地城镇土地使用税有关政策的通知》（财税[2006]56号）规定：在城镇土地使用税征税范围内实际使用应税集体所有建设用地、但未办理土地使用权流转手续的，由实际使用集体土地的单位和个人按规定缴纳城镇土地使用税。