问：在《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》（国税发[2004]88号）第十条第三款规定，增值税一般纳税人取得的货物运输业发票，可以在自发票开具日90天后的*9个纳税申报期结束以前申报抵扣。
但在《国家税务总局关于加强货物运输业税收征收管理的通知》（国税发[2003]121号）的附件二第五条规定：纳税人取得的2003年10月31日以后开具的运输发票，应当自开票之日起90天内向主管国税局申报抵扣，超过90天的不得予以抵扣。
这两个条款在抵扣时间有差异，但是国税发[2003]121号文并没有被通知该条款失效或全文失效。在实务中，应参照上述哪个文件规定的条款执行？
答：根据“新法优于旧法”的原则，在实际工作中应按《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》（国税发[2004]88号）第十条的规定，“关于货运发票的抵扣问题 第三款规定：增值税一般纳税人取得的货物运输业发票，可以在自发票开具日90天后的*9个纳税申报期结束以前申报抵扣。”执行。