问：如果我公司在查账时发现善意取得了假发票，已经要求对方开具了合格的发票。请问后来开具的发票能否在税前列支？
答：一、增值税的处理：
根据《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发[2000]187号）文件的规定：
购货方与销售方存在真实的交易，销售方使用的是其所在省（自治区、直辖市和计划单列市）的专用发票，专用发票注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符，且没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得的，对购货方不以偷税或者骗取出口退税论处。但应按有关法规不予抵扣进项税款或者不予出口、退税；购货方已经抵扣的进项税款或者取得的出口退税，应依法追缴。
购货方能够重新从销售方取得防伪税控系统开出的合法、有效专用发票的，或者取得手工开出的合法、有效专用发票且取得了销售方所在地税务机关或者正在依法对销售方虚开专用发票行为进行查处证明的，购货方所在地税务机关应依法准予抵扣进项税款或者出口退税。
二、企业所得税的处理
对于外商投资企业和外国企业通过虚开增值税专用发票购进的货物所得税处理问题，国家税务总局针对厦门市国税局的请示，下发《国家税务总局关于外商投资企业和外国企业通过虚开增值税专用发票购进的货物所得税处理问题的批复》（国税函[2003]112号）规定：根据《中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税法》第十七条的规定，企业各项会计记录必须完整准确，有合法凭证作为记账依据。因此，如果企业不能依照规定取得合法购货发票，无法确定其支付货款的真实性和准确性，其购进货物所支付的货款，在计算企业应纳税所得额时，不得作为成本费用扣除；根据《财政部关于增值税会计处理的规定》（财会字[1993]83号），企业缴纳的增值税（包括因取得虚开增值税专用发票而被查补的增值税）在计算企业应纳税所得额时，也不得作为成本费用扣除。
但是，国家税务总局对于内资企业善意取得虚开的增值税专用发票的所得税处理问题却一直没有明确规定，各地对此也做了相应的规定。如《江苏省国家税务局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票有关问题的批复》（苏国税函[2003]37号）第二条规定，关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票所支付的货款可否在企业所得税税前扣除的问题。依据《国家税务总局关于印发〈企业所得税税前扣除办法〉的通知》（国税发[2000]84号）第三条规定："纳税人申报的扣除要真实、合法"，而虚开的增值税专用发票不符合上述要求。因此，在计算应纳税所得额时，其购进货物所支付的货款不得税前扣除。
再根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十二条规定：不符合规定的发票，不得作为财务报销凭证，任何单位和个人有权拒收。
根据《中华人民共和国发票管理办法实施细则》第三十二条规定：《办法》第二十二条所称不符合规定的发票是指开具或取得的发票是应经而未经税务机关监制，或填写项目不齐全，内容不真实，字迹不清楚，没有加盖财务印章或发票专用章，伪造、作废以及其他不符合税务机关规定的发票。
综上，我们认为贵公司如被税务机关发现存在善意取得增值税专用发票情形的，取得与"假票"相关的费用或货物成本，不得在税扣除，但又重新按规定取得增值税专用发票相关的费用或货物成本，可在税前扣除。