问：某外商投资的贸易企业是增值税一般纳税人，其清算关闭时，仓库中留有存货。请问税务上如何处理？具体问题如下：
1）该存货有一部分可以变卖掉，是否在清算期间可以开具增值税专用发票？具体销项税如何计算？
2）还有一部分存货无法销售，只能按照毁损处理，是否需要做进项税转出？还是税务局仍然按照正常售价核定销项税？
3）存货的所得税如何处理？我们听说增值税进项税留底税额不予退还，而做亏损处理。作报废处理的存货是否做财产损失在所得税前扣除？
答：根据所述情形，该外商企业在清算过程中，在未办理注销税务登记前，其发生销售货物及处理存货事项，应按现行增值税和企业所得税规定处理。
1、对“存货有一部分可以卖掉”的，按正常销售货物处理和核算；
2、《中华人民共和国增值税暂行条例》（国务院令2008年第538号）第十条规定，下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：
（一）用于非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物或者应税劳务；
（二）非正常损失的购进货物及相关的应税劳务；
（三）非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务；
（四）国务院财政、税务主管部门规定的纳税人自用消费品；
（五）本条第（一）项至第（四）项规定的货物的运输费用和销售免税货物的运输费用。
《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第二十四条规定，条例第十条第（二）项所称非正常损失，是指因管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失。
根据上述规定，贵公司的毁损存货要区分正常损失和非正常损失。对于非正常损失部分相应进项税额做转出处理；如销售自认为毁损存货，价格明显偏低，税务机关会依照《中华人民共和国增值税暂行条例》第七条纳税人销售货物或者应税劳务的价格明显偏低并无正当理由的，由主管税务机关核定其销售额。
3、在清算中，对留抵税额的处理，根据《财政部、国家税务总局关于增值税若干政策的通知》（财税〔2005〕165号）第六条一般纳税人注销时存货及留抵税额处理问题规定，一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。
对于留抵的税额，应先还原到库存存货成本中。对报废处理的存货，在企业所得税税前扣除的处理，应依照《财政部、国家税务总局关于企业资产损失税前扣除政策的通知》（财税〔2009〕57号）和《国家税务总局关于印发的通知》（国税发〔2009〕88号）的规定办理。