问：按照规定码头经营收入5年免税，这时候优惠可以和过渡期税收优惠叠加吗？如果可以，请问码头经营收入支出是不是要单独核算？
答：1、优惠过渡：
根据《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》（国发〔2007〕39号）*9条规定“自2008年1月1日起，原享受企业所得税“两免三减半”、“五免五减半”等定期减免税优惠的企业，新税法施行后继续按原税收法律、行政法规及相关文件规定的优惠办法及年限享受至期满为止，但因未获利而尚未享受税收优惠的，其优惠期限从2008年度起计算。
享受上述过渡优惠政策的企业，是指2007年3月16日以前经工商等登记管理机关登记设立的企业；实施过渡优惠政策的项目和范围按《实施企业所得税过渡优惠政策表》（见附表）执行。”
在该附表中关于码头的五免五减半优惠内容详见第20项：《中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税法实施细则》第七十五条*9款*9项“从事港口码头建设的中外合资经营企业，经营期在15年以上的，经企业申请，所在地的省、自治区、直辖市税务机关批准，从开始获利的年度起，*9年至第五年免征企业所得税，第六年至第十年减半征收企业所得税。”
根据您所说的情况，我们分析应为上述优惠，对于上述优惠属于允许优惠过渡的范围之内。
2、优惠叠加：
《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》（国发〔2007〕39号）第三条规定，企业所得税过渡优惠政策与新税法及实施条例规定的优惠政策存在交叉的，由企业选择*3惠的政策执行，不得叠加享受，且一经选择，不得改变。”
《财政部、国家税务总局关于执行企业所得税优惠政策若干问题的通知》（财税〔2009〕69号）对于上述规定又作出了进一步的明确与解释：该文件第二条规定“《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》（国发〔2007〕39号）第三条所称不得叠加享受，且一经选择，不得改变的税收优惠情形，限于企业所得税过渡优惠政策与企业所得税法及其实施条例中规定的定期减免税和减低税率类的税收优惠。”
因而，贵企业关于码头经营收入的优惠过渡属于上述规定中的企业所得税过渡优惠政策，贵企业将不能再同时享受新所得税法中关于定期减免税和减低税率类的税收优惠。
3、经营核算要求：
《国务院关于实施企业所得税过渡优惠政策的通知》（国发〔2007〕39号）第三条规定，享受企业所得税过渡优惠政策的企业，应按照新税法和实施条例中有关收入和扣除的规定计算应纳税所得额，并按本通知*9部分规定计算享受税收优惠。
《中华人民共和国企业所得税法实施条例》*9百零二条规定，企业同时从事适用不同企业所得税待遇的项目的，其优惠项目应当单独计算所得，并合理分摊企业的期间费用；没有单独计算的，不得享受企业所得税优惠。
因而，贵企业对于码头经营收入的所得也应单独计算所得。否则，不能享受。这一点不仅在新法施行后有明确的规定，在旧法中也有着明确规定：
《国家税务总局关于外商投资企业从事港口、码头等特定项目投资经营适用税收优惠问题的通知》（国税发〔1995〕151号）规定，《中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税法实施细则》第七十三条*9款第（一）项、第（二）项、第（四）项，第七十五条*9款第（一）项、第（二）项、第（三）项法规：从事港口、码头、机场、铁路、公路、电站、煤矿、水利等能源、交通、基础设施项目和农业开发经营项目（以下统称特定项目）的外商投资企业，凡符合企业类型和项目所在地区等条件的，可享受有关减低税率或定期减免税优惠待遇。现将贯彻执行以上税收优惠政策的有关问题明确如下：
一、可享受特定项目税收优惠的企业，应是直接投资建设并经营特定项目的外商投资企业，不包括对上述项目承包建筑施工的企业。
二、投资经营特定项目的外商投资企业，同时兼营其他一般项目的，应分别核算并申报其特定项目和一般项目的收入、成本费用及相应的应纳税所得额，分别按特定项目和一般项目所适用税率及定期减免税法规计算缴纳企业所得税。凡企业不能分别准确核算申报的、或者当地主管税务机关认定其核算申报不合理的，当地主管税务机关可以对其应纳税所得总额，按照其特定项目和一般项目的营业收入比例或其他合理的比例划分各自的应纳税所得额，计算应纳所得税额。