问：我公司08年12月签订了技术开发合同，原则上可以免营业税；但是08年12月着急收款，先给客户开了一半的服务发票；09年2月技术开发合同才办理完科技部门的认定，真正可以免营业税，现在再给客户开技术贸易发票，是否可以？一个合同两种发票是否被允许？另外08年开的服务发票，能否向对方客户要回后，红字冲，再重新开技术贸易发票，再对已经缴纳的营业税办理退税？如果客户拒绝退还服务发票，我们公司能否持“服务发票”到地税局办理退营业税？
答：企业技术转让免征营业税的文件依据是《财政部、国家税务总局关于贯彻落实有关税收问题的通知》（财税[1999]273号）。该文件规定，“二、关于营业税（一）对单位和个人（包括外商投资企业、外商投资设立的研究开发中心、外国企业和外籍个人）从事技术转让、技术开发业务和与之相关的技术咨询、技术服务业务取得的收入，免征营业税。
在享受减免税的程序上，该文件同时规定了纳税人从事技术转让、开发业务申请免征营业税时，须持技术转让、开发的书面合同，到纳税人所在地省级科技主管部门进行认定，再持有关的书面合同和科技主管部门审核意见证明报当地主管税务机关审核。
享受技术开发、技术转让营业税减免税要符合两个条件：一是技术合同必须认定；二是必须开具技术贸易专用发票。同时，在减免税审批手续上，对于技术开发、技术转让免税营业税的手续已经从审批转变为备案。根据国税函[2004]825号的规定：取消审核手续后，纳税人的技术转让、技术开发的书面合同仍应到省级科技主管部门进行认定，并将认定后的合同及有关证明材料文件报主管地方税务局备查。主管地方税务局要不定期地对纳税人申报享受减免税的技术转让、技术开发合同进行检查，对不符合减免税条件的单位和个人要取消税收优惠政策，同时追缴其所减免的税款，并按照《中华人民共和国税收征收管理法》的有关规定进行处罚。
在发票问题上，实际并没有强制规定。如果当地税务机关说必须使用，那也不影响。