问：我单位属大型国有企业，根据上级部门的安排，与另一家公司合并成立了一家新公司。按照今后企业的发展规划，老公司要注销，所有业务全在新公司核算，请问老公司注销都有哪些涉税问题？新公司开始运行都有哪些涉税问题？
答：1、原公司注销：《中华人民共和国企业所得税法》第五十五条规定，企业在年度中间终止经营活动的，应当自实际经营终止之日起六十日内，向税务机关办理当期企业所得税汇算清缴。
企业应当在办理注销登记前，就其清算所得向税务机关申报并依法缴纳企业所得税。
《财政部、国家税务总局关于企业清算业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]60号）*9条规定，企业清算的所得税处理，是指企业在不再持续经营，发生结束自身业务、处置资产、偿还债务以及向所有者分配剩余财产等经济行为时，对清算所得、清算所得税、股息分配等事项的处理。
第二条规定，下列企业应进行清算的所得税处理：（一）按《公司法》、《企业破产法》等规定需要进行清算的企业；（二）企业重组中需要按清算处理的企业。即将整个清算期作为一个独立的纳税年度计算清算所得。
因而，原企业的注销符合上述规定的清算条件，应对其进行清算，对于清算企业的清算所得按《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第十一条“企业所得税法第五十五条所称清算所得，是指企业的全部资产可变现价值或者交易价格减除资产净值、清算费用以及相关税费等后的余额。”进行确认。
2、对于合并行为：合并行为属于企业重组行为。
根据《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）*9条规定，本通知所称企业重组，是指企业在日常经营活动以外发生的法律结构或经济结构重大改变的交易，包括企业法律形式改变、债务重组、股权收购、资产收购、合并、分立等。
（五）合并，是指一家或多家企业（以下称为被合并企业）将其全部资产和负债转让给另一家现存或新设企业（以下称为合并企业），被合并企业股东换取合并企业的股权或非股权支付，实现两个或两个以上企业的依法合并。
第三条规定，企业重组的税务处理区分不同条件分别适用一般性税务处理规定和特殊性税务处理规定。
贵企业的情况还需按照实际情况详细对照财税[2009]59号文件进行确认相关事项的税务处理，在该文件中对于一般性税务处理与特殊性税务处理是有很大差别的，还需要考虑到企业是否还有未弥补的亏损或者未享受完的减免税优惠等，不同的税务处理对企业未来的税务事项处理的规定也是不同的。
3、企业合并行为*4尽早理清、确定各方的债权债务关系，因此不建议新旧公司并行。