问：我单位是房地产开发企业，开发工作于2003年3月开始，财务费用中只体现了向银行金融机构的借款利息支出，向企业和个人借款的利息支出未在账上体现。请问1、我单位在土地增值税清算时利息支出应该按哪种情况进行扣除呢？2、我单位开发项目主体工程于2006年12月完工，向金融机构借款协议时间为2006年3月到2009年3月共发生利息支出50万元，项目清算时间在2009年6月30日。如果利息支出允许据实扣除，请问利息支出扣除金额是50万元吗？
答：1、《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》（财法字[1995]6号）第七条规定，条例第六条所列的计算增值额的扣除项目，具体为：……（三）开发土地和新建房及配套设施的费用（以下简称房地产开发费用），是指与房地产开发项目有关的销售费用、管理费用、财务费用。
财务费用中的利息支出，凡能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实扣除，但*6不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额，其他房地产开发费用，按本条（一）、（二）项法规计算的金额之和的5%以内计算扣除。
凡不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用按本条（一）、（二）项法规计算的金额之和的10%以内计算扣除。
上述计算扣除的具体比例，由各省、自治区、直辖市人民政府法规。
根据上述规定，计算土地增值税时可以扣除的利息费用有两种情况：一是“能够按转让房地产项目计算分摊并提供金融机构证明的”，允许据实扣除利息支出，但*6不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额，您说的未在账面列示的“向企业和个人借款的利息支出”不能扣除；二是“不能按转让房地产项目计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的”，利息支出不再单独扣除，与房地产开发项目有关的销售费用、管理费用、财务费用等房地产开发费用，总计按本条（一）、（二）项法规计算的金额之和的10%以内计算扣除。
2、《国家税务总局关于印发〈土地增值税清算管理规程〉的通知》（国税发[2009]91号）第二十一条规定，审核扣除项目是否符合下列要求：……（四）扣除项目金额中所归集的各项成本和费用必须是在清算项目开发中直接发生的或应当分摊的。
第二十七条规定，审核利息支出时应当重点关注：
（一）是否将利息支出从房地产开发成本中调整至开发费用。
（二）分期开发项目或者同时开发多个项目的，其取得的一般性贷款的利息支出，是否按照项目合理分摊。
（三）利用闲置专项借款对外投资取得收益，其收益是否冲减利息支出。
问题所述开发项目主体工程已于2006年12月完工，利息只能扣除项目完工前发生的或应当分摊的利息，如果不能正确计算分摊，则不符合利息支出据实扣除的条件。