问：物流公司开据的代理运费服务业发票其进项税能否抵扣？
答：《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》（财政部、国家税务总局令2008年第50号）第十九条规定，条例第九条所称增值税扣税凭证，是指增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、农产品收购发票和农产品销售发票以及运输费用结算单据。
物流公司开据的代理运费服务业发票不属于可以抵扣的扣税凭证，不能抵扣进项税。
另外，根据《财政部、国家税务总局关于增值税若干政策的通知》（财税[2005]165号）第七条运输发票抵扣问题规定，……（三）一般纳税人取得的国际货物运输代理业发票和国际货物运输发票，不得计算抵扣进项税额。
所述物流公司只有取得了税务机关授权，代开的运输发票才能按规定计算抵扣进项税额。
《国家税务总局关于加强货物运输业税收征收管理的通知》（国税发[2003]121号）附件2《运输发票增值税抵扣管理试行办法》第三条规定，运输单位提供运输劳务自行开具的运输发票，运输单位主管地方税务局及省级地方税务局委托的代开发票中介机构为运输单位和个人代开的运输发票准予抵扣。其它单位代运输单位和个人开具的运输发票一律不得抵扣。
附件3《货物运输业营业税纳税人认定和年审试行办法》中规定，符合代开票纳税人条件的，可在办理税务登记的同时申请办理代开票纳税人认定手续。