问：我公司按照财政部、社会保障部联合下发的关于企业建立补充养老保险和补充医疗保险的文件规定，将补充养老保险上缴到集团公司，补充医疗保险按工资总额的4%在生产成本科目中列支，未上缴。近日税务机关检查认为，我公司违反了《国家税务总局关于执行需要明确的有关所得税问题的通知》（国税发[2003]45号）第五条*9款“企业为全体雇员按国务院或省级人民政府规定的比例或标准缴纳的补充养老保险、补充医疗保险，可以在税前扣除”的规定。即我单位未进行缴纳补充医疗保险，而只是提取。请问税务机关的处理是否正确？
答：因企业未能说明是新法还是旧法，分两种情况分别说明：
1、如果企业所涉事项为2008年前，则需要按原文件执行。未实际缴纳不得税前扣除。
《国家税务总局关于执行需要明确的有关所得税问题的通知》（国税发[2003]45号）文件第五条*9款规定，企业为全体雇员按国务院或省级人民政府规定的比例或标准缴纳的补充养老保险、补充医疗保险，可以在税前扣除。
2、如果是2008年1月1日以后的事项，则按照《财政部、国家税务总局关于补充养老保险费补充医疗保险费有关企业所得税政策问题的通知》（财税[2009]27号）规定，自2008年1月1日起，企业根据国家有关政策规定，为在本企业任职或者受雇的全体员工支付的补充养老保险费、补充医疗保险费，分别在不超过职工工资总额5%标准内的部分，在计算应纳税所得额时准予扣除；超过的部分，不予扣除。
综合上述两个文件，其实都强调了一个问题，即企业应该是按照国家有关规定上缴或者支付，对于企业已经提取但未实际缴纳到相关部门的补充养老保险及补充医疗保险费不能在企业所得税前进行扣除。