问：《国家税务总局关于跨地区经营建筑企业所得税征收管理问题的通知》（国税函[2010]156号）通知第三条“建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目部，应按项目实际经营收入的0.2%按月或按季由总机构向项目所在地预缴企业所得税，并由项目部向所在地主管税务机关预缴。”
我公司跨区项目主管机构是地税局，总部所得税主管机构是国税局，请问项目所在地预缴地税局的企业所得税，能否在机构所在地的国税局进行抵扣？
答：《国家税务总局关于调整新增企业所得税征管范围问题的通知》（国税发[2008]120号）规定，2008年底之前已成立跨区经营汇总纳税企业，2009年起新设立的分支机构，其企业所得税的征管部门应与总机构企业所得税征管部门相一致；2009年起新增跨区经营汇总纳税企业，总机构按基本规定确定的原则划分征管归属，其分支机构企业所得税的管理部门也应与总机构企业所得税管理部门相一致。
《青岛市地方税务局转发〈国家税务总局关于跨地区经营建筑企业所得税征收管理问题的通知〉的通知》（青地税发[2010]90号）规定，建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目经理部（包括与项目部性质相同的工程指挥部、合同段等，下同），其企业所得税的征管部门应与总机构企业所得税征管部门相一致，即总机构企业所得税为国税机构负责征收的，项目经理部企业所得税由其所在地主管国税机关负责征收管理；总机构企业所得税为地税机构负责征收的，项目经理部企业所得税由其所在地主管地税机关负责征收管理。
参照上述规定，建筑企业总机构直接管理的跨地区设立的项目经理部，其企业所得税的征管部门应与总机构企业所得税征管部门相一致。因此，按月或按季由总机构向项目所在地国税机关预缴企业所得税。
新企业所得税法的重要特征之一即是实行法人所得税制，即使预缴的企业所得税所在项目地主管税务机关是地税局，在总公司年度汇算清缴时依然可以进行抵扣，并不因为总机构和分支机构分属不同税务机关就不能相互抵扣。正如目前的货物运输发票由主管地税机关在开票时按2.5%预征的企业所得税，实行查账征收的货物运输企业在年度汇算清缴时依旧可以扣除其预缴的企业所得税款一样。