问：某合资公司土地系由中方股东以注册资金形式转入，现公司以市价将土地使用权转让给其他企业，则公司可否参照《财政部、国家税务总局关于营业税若干政策问题的通知》（财税[2003]16号）中规定，按差额确认转让土地的计税营业额？
答：《财政部、国家税务总局关于营业税若干政策问题的通知》（财税[2003]16号）第三条第（二十）项规定，单位和个人销售或转让其购置的不动产或受让的土地使用权，以全部收入减去不动产或土地使用权的购置或受让原价后的余额为营业额。“
《营业税暂行条例实施细则》第十九条规定，条例第六条所称符合国务院税务主管部门有关规定的凭证（以下统称合法有效凭证），是指：
（一）支付给境内单位或者个人的款项，且该单位或者个人发生的行为属于营业税或者增值税征收范围的，以该单位或者个人开具的发票为合法有效凭证；
《财政部、国家税务总局关于股权转让有关营业税问题的通知》（财税[2002]191号）*9条*9款规定，以无形资产、不动产投资入股，参与接受投资方利润分配，共同承担投资风险的行为，不征收营业税。
参照《广东省地方税务局关于以不动产、无形资产投资入股是否开具发票问题的批复》（粤地税函[2007]703号）规定，纳税人以不动产、无形资产投资入股不是经营活动，没有发生经营业务收付款行为，根据《中华人民共和国发票管理办法》第二十条规定，不开具发票。
根据上述规定，可以差额缴纳营业税的是销售受让的土地使用权，减除项目支付款项凭证必须是发票为合法有效凭证。
再问：还有其他的涉税问题吗？验资报告和评估报告算不算合法有效凭证？
答：转让土地使用权还会涉及土地增值税、印花税、企业所得税。
《国家税务总局关于营业税若干政策问题的批复》（国税函[2005]83号）第三条规定，单位和个人销售或转让其购置的不动产或受让的土地使用权，无论该不动产或土地使用权上一环节是否已缴纳营业税，均应按照财税[2003]16号文件第三条第（二十）项的有关规定，以全部收入减去该不动产或土地使用权的购置或受让原价后的余额为计税营业额；同时，在营业额减除项目凭证的管理上，应严格按照财税[2003]16号文件第四条的有关规定执行。
参照《浙江省地方税务局关于营业税、资源税若干政策业务问题的通知》（浙地税函[2006]600号）文件规定，不动产或土地使用权的购置或受让凭证，是指企业开具的销售不动产专用发票、转让无形资产专用发票和税务机关代开统一发票及国土资源管理部门开具的土地出让金专用票据。
根据上述规定，受让的土地使用权通常包括以交付土地出让金的方式及购买方式取得，只有此两种情况才可取得合法有效的凭证。即土地出让金专用票据及转让无形资产的专用发票和税务机关代开统一发票，只有此三种凭证才属于合法有效凭证，才可按差额纳营业税。验资报告和评估报告不能作为差额纳营业税的凭证。
再问：评估报告上的土地入账价值可否在土地使用权转让计算土地增值税和企业所得税时扣除？
答：土地增值税及企业所得税的成本核算与营业税的规定不同。
企业所得税，投资取得的土地可以凭投资协议及评估报告入账并作为计税成本。
土地增值税，总局没有统一规定，请企业咨询当地主管税务机关为妥。
可参考《山东省青岛市地方税务局关于印发〈房地产开发项目土地增值税清算有关业务问题问答〉的通知》（青地税函[2009]47号）第六条的规定，关于以土地使用权投资入股，被投资企业从事房地产开发的，其土地成本如何进行确认？
答：房地产开发企业以接受投资方式取得的土地使用权，根据有关文件的规定，此类情形以《财政部、国家税务总局关于土地增值税若干问题的通知》（财税[2006]21号）文件的执行日期为界限，分两种情况确认土地成本：
（一）2006年3月2日之后，在投资或联营环节，已对土地使用权投资确认收入，并对投资人按规定征收土地增值税的，以征税价格作为被投资企业取得土地使用权所支付的金额据以扣除。
（二）2006年3月2日之前，以土地作价入股进行投资或联营从事房地产开发的，被投资企业在土地增值税清算时，应以投资者取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用作为其取得土地使用权所支付的金额据以扣除，投资或联营时形成的土地使用权溢价不得扣除。其中，对在2006年3月2日之前虽未办理土地使用权变更登记手续，但受让方已先行合法占有投资开发土地、并已投入资金开始开发的，按照上述规定处理。