问：我公司分支机构在河南某市，因为2009年刚开始筹建，人员和资产相对较少，且没有收入。因此，从2010年7月开始在分公司分配税收时，分公司只有规定额度（50%）的6%.现在分支机构的主管税务局要求我公司至少在分支机构缴纳总体税额的三分之一，但是我公司只能以分配表的数字缴纳。请问如何处理？可否在总公司的税款里抵回？
答：企业跨省设立分支机构的，除另有规定外，企业所得税应按《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发[2008]28号）规定执行。
根据问题所述情形，你公司应执行国税发[2008]28号文件的规定，总机构应按三因素法计算分支机构应预缴的税款。
《国家税务总局关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知》（国税函[2009]221号）第四条规定，对应执行国税发[2008]28号文件规定而未执行或未正确执行上述文件规定的跨地区经营汇总纳税企业，在预缴企业所得税时造成总机构与分支机构之间同时存在一方（或几方）多预缴另一方（或几方）少预缴税款的，其总机构或分支机构就地预缴的企业所得税低于按上述文件规定计算分配的数额的，应在随后的预缴期间内，由总机构将按上述文件规定计算分配的税款差额分配到总机构或分支机构补缴；其总机构或分支机构就地预缴的企业所得税高于按上述文件规定计算分配的数额的，应在随后的预缴期间内，由总机构将按上述文件规定计算分配的税款差额从总机构或分支机构的预缴数中扣减。
因此，分支机构未按国税发[2008]28号文件规定预缴税款，造成多预缴的，不能在总机构税款里抵回，应在其随后的预缴期间内抵减。