问：我公司是成都的一家房地产开发企业，近日投资2200万元持有A房地产开发公司100%的股权。目前，A公司实收资本2200万元、未分配利润-100万元、其他应付款（公司借款）18000万元、存货（待开发土地）20000万元、货币资金100万元，该公司不再存在其他的资产和负责。我公司现拟按4920万元转让A公司60%的股权给B公司。请问：
1、在A公司仅有土地资产、少量货币资金及亏损的情况下，我公司转让A公司60%的股权行为，是否涉及缴纳土地增值税？
2、若涉及土地增值税，我公司应缴纳的土地增值税如何计算？
3、若涉及土地增值税，今后A公司项目开发完毕，A公司计缴项目土地增值税时，其土地扣除成本是否为20000万元？我公司缴纳的土地增值税对其土地扣除额是否存在影响？
答：你公司不是转让A房地产公司100%的股权，不适用《国家税务总局关于以转让股权名义转让房地产行为征收土地增值税问题的批复》（国税函[2000]687号）规定，鉴于深圳市能源集团有限公司和深圳能源投资股份有限公司一次性共同转让深圳能源（钦州）实业有限公司100%的股权，且这些以股权形式表现的资产主要是土地使用权、地上建筑物及附着物，经研究，对此应按土地增值税的规定征税。
《土地增值税暂行条例》第二条规定，转让国有土地使用权、地上的建筑物及其附着物并取得收入的单位和个人，为土地增值税的纳税义务人，应当依照本条例缴纳土地增值税。
根据上述规定，由于土地使用权均归属于A公司，你公司也不符合以转让股权名义转让房地产行为的规定。因此，你公司转让A公司60%股份不涉及缴纳土地增值税。