问：A、B公司是两间关联企业，A公司因处于生产淡季，有工源富裕，而B公司因生产临时需要增加人力，经双方协商达成借调协议，即：
1、借用期间，相关社会保险仍以A公司名义支付，因此如借用之员工发生工伤意外，费用先由A公司垫付；
2、借用期间，A公司每月根据员工出勤情况计算应发、实发工资，由A公司于每月统一代垫与发放；
3、借用期间发生所有包括但不限于上述两点的费用，全部先由A公司统一处理支付，后由B公司全数返还A公司。
根据上述协议，有如下两点疑虑：
1、A公司收回B公司返还的代垫借调员工款项，是否要开具发票，有无涉及营业税等税项？
2、A、B公司借调员工如何才能做到个人所得税申报数与企业所得税工资列支数达成一致？
答：《营业税暂行条例》*9条规定，在中华人民共和国境内提供本条例规定的劳务、转让无形资产或者销售不动产的单位和个人，为营业税的纳税人，应当依照本条例缴纳营业税。
《国家税务总局关于企业工资薪金及职工福利费扣除问题的通知》（国税函[2009]3号）*9条规定，《实施条例》第三十四条所称的“合理工资薪金”，是指企业按照股东大会、董事会、薪酬委员会或相关管理机构制订的工资薪金制度规定实际发放给员工的工资薪金。税务机关在对工资薪金进行合理性确认时，可按以下原则掌握：
（一）企业制订了较为规范的员工工资薪金制度；
（二）企业所制订的工资薪金制度符合行业及地区水平；
（三）企业在一定时期所发放的工资薪金是相对固定的，工资薪金的调整是有序进行的；
（四）企业对实际发放的工资薪金，已依法履行了代扣代缴个人所得税义务。
（五）有关工资薪金的安排，不以减少或逃避税款为目的；
第二条规定，《实施条例》第四十、四十一、四十二条所称的“工资薪金总额”，是指企业按照本通知*9条规定实际发放的工资薪金总和，不包括企业的职工福利费、职工教育经费、工会经费以及养老保险费、医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费和住房公积金。属于国有性质的企业，其工资薪金，不得超过政府有关部门给予的限定数额；超过部分，不得计入企业工资薪金总额，也不得在计算企业应纳税所得额时扣除。
参照《天津市地方税务局、天津市国家税务局关于劳务派遣业务有关税务处理问题的通知》（津地税企所[2010]6号）规定：
（一）劳务派遣企业支付给被派遣劳动者合理的工资和依照天津市人民政府规定的范围和标准为被派遣劳动者缴纳的社会保险费和住房公积金等，可以税前扣除。用工单位不得税前扣除被派遣劳动者工资、社会保险费和住房公积金等各项费用。
（二）劳务派遣企业应为每个被派遣劳动者独立开设银行账户，支付给被派遣劳动者货币形式的报酬，通过银行等金融机构转账方式支付的方可税前扣除。
（三）劳务派遣企业以被派遣劳动者的工资为基数，按照《企业所得税法》及其实施条例规定的比例和标准据实列支的职工福利费、职工教育经费和实际拨缴的工会经费，可以税前扣除。
根据上述规定，企业所得税法下的“工资薪金总额”口径的掌握，以国税函[2009]3号规定为准；B公司发生的劳务派遣工支出，属于劳务成本支出，企业所得税前，应凭A公司开具的发票税前扣除，不得作为工资处理。
个人所得税申报由劳务派遣单位A公司作为本单位员工正常申报。